腐敗も発酵も現象的には全く同じで、糸状菌、細菌、酵母などの微生物が炭水化物などを栄養として増殖し、元とは異なる物質を作ることです。増殖する菌や分解過程が人が意図していたとおりであれば「発酵」、そうでなければ「腐敗」と呼びます。例えばお酒やワインを作る場合、きちんとアルコールが出来れば発酵ですが、酢酸菌が入り込んだり、酵母がアルコールを更に分解したりして酢が出来てしまうと「食酢」として使うことは出来るにしても「腐った」ということになります。また牛乳も放っておくと乳酸発酵することが多いのですが、「ヨーグルトになった」といって喜ぶよりは「腐った」として捨てられます。一方、堆肥を作る過程などは、原料は腐りかかった雑多なもので、様々な菌が働き、悪臭を放つことさえあるのに、「発酵」と呼ばれます。
特定の菌が優勢な発酵過程では、特定物質が多量に蓄積するために一時的に他の菌の繁殖を抑制することがあります。このような効果をもつ物質はアルコール、乳酸、酢酸などです。しかし、これらも濃度が下がれば他の菌の栄養源になり、最終的には有機物は二酸化炭素と水、窒素化合物などに分解されます。
具体的にお酒やワインなどのアルコール濃度では酢酸発酵を完全に止めることは出来ないので、徐々に酸味を増します。生きた酵母が沢山入っていて、アルコール濃度も低い「地ビール」などでは、低温下に置かないとあっという間に酸敗してしまいます。納豆菌はかなり頑健で他の菌を寄せ付けない性質を有しますが、しばらく置くと、納豆菌は自分自身が分解して作ったアミノ酸をさらに分解してアンモニアを発生させます。こうなるとちょっと食べるのはためらわれますので、雑菌が入ったわけでもないのに「腐敗」したことになります。なお、納豆の表面に出来る白いつぶつぶはチロシンというアミノ酸が結晶化したもので、雑菌が入ったためではありません。
補足
お返事遅れましたが、みなさん、ありがとうございました。