ホモロジーモデリングと配列の長さの関係について

質問

配列の長さが異なるもの同士でホモロジーモデリングを行うということは、
片方が伸びる、もしくは縮まるという考えでいいのでしょうか？

その辺りを詳しくでなくてもいいので、どなたか教えていただけないでしょうか。
よろしくおねがいします。

回答No.1

ki073 · ベストアンサー

ホモロジーモデリングを検索するといっぱい出てきますので、それを参考にしてください。

簡単に書くと
構造未知の配列を、構造が分かっているタンパクの配列中から似た配列を探し出し、それと同じ構造を取るはずだという論理で、構造を予測するという手法です

質問の意味が分からないのですが、基本的には同程度の長さの領域を比較します。

例えば、似た配列をもつタンパクAとBがあり、Aの構造が分かっているとします。
構造が分かっていないBをホモロジーモデリングすると、配列が似ているAを探し出し、その構造に似た構造の予測します。
実際には長い配列全体が似ているというものはあまりないので、適当な長さに区切り部分部分の構造をつなげたような予測になることが多いです。
それと、配列が似ているからといって、構造が同じだとは限りませんので。極端な例はプリオンで配列が同じでも構造が違います。

実際にやられた方が理解が早いですので、試されてはどうですか？
だれでも使えるサイトは結構あります。

お礼

理解しました、ありがとうございました。