ELISPOTのための画像解析ソフト

質問

ELISPOT用のプレートリーダーが製品として多々出ていますが、無料のスポット数解析用ソフトは存在していないのでしょうか？
どうにかお金をかけずに解析ができないものでしょうか？

フリーウェアを用いてする方法や、専用のフリーウェアの解析ソフトがありましたらどなたか教えてください。

回答No.1

sirouto1gou · ベストアンサー

今日は。

確かに国内ではElispotをされている方がただでさえ少ないですから、需要と供給の関係上、リーダーユニットはかなりの高額ですね。

Elispotはカウントするだけで一苦労しますしね...
しかもソフトにドングルが付いて機器と一体型になってますからね。
かなり難しいのではないでしょうか。

ミネルヴァテック社では96穴プレート一枚当たり1万円で受託をされていますよ。

某社のリーダーはソフトにそこらで買えばたかだか数万円のスキャナーがついただけでウン百万円しますからね。
その代わりソフトで解析するとカウントから定量まで96サンプル2～3分で処理可能です。

補足

ご回答ありがとうございます。回答者様が専門家ということで追加でご質問させてください。

ソフトウェアだけを購入して、自分で双眼実体顕微鏡等で撮影した画像を解析することってできるのでしょうか？また、ハードの現物を見たことが無いのですが、一般のスキャナと同じものが専用機器として扱われていると考えてよろしいのでしょうか？
もし、そうであれば自分でメンブレンだけをスキャナで読めば購入はソフトウェアだけでもいけると思うのですが、ご経験等がおありでしたらご返答お願いいたします。

回答No.2

sirouto1gou

一般のスキャナと同じものが専用機器として扱われていると考えてよろしいのでしょうか？
そうです。実勢価格では2万円程度のスキャナーです。

現行のElispot Readerには大きく分けて二種類の画像取り込み方法があります。

一つ目はCarl Zeiss社が採用している実体顕微鏡で取り込む方法です。
これを使用する前に穴あけパンチの様な器具で発色しているメンブレンを取り出す必要があります(レンズサンプル面を接近させなければならないため)。

もう一方はAutoimmun Diagnostika社、Cellular Technology社が採用しているカラーデジタルCCDカメラによる各ウェルの直接取り込み方式で、これらの機種を使用した場合、パンチをする必要はありません。

各々のリーダーに共通して言える事ですが、サンプルは全て独立したJPG、TIFFになるために合計96の画像ファイルが出来上がります。

ソフトについてはスキャナー解析の場合、どの様にするのかは私にもわかりません(解像度は確実に悪いと思いますので使ってません)が、各メーカー共に上記の方式でしか解析ソフトウェアが使用できない事からも、恐らく各ウェルを個々に取り込む必要があるかと思います。

それをそれぞれナンバリング(例えばA1ウェルであれば、その画像ファイル名をA1にする)を行い、更に統合するためのファイルを作成してから解析ソフトにかける...というのが作業になるかと思います。そうしませんと画面上に96ウェルチャート形式にウェルが配置されません。
(結局、自動インテグレートとクリック一つでグラフ作成も含めたエクセルでのデータ化が行われるのがReader Unitのミソだと思います)

ソフトの機能はそれだけではなく、カウントの際にスポットのサイズや発光強度等も自動計測してくれます。閾値設定もあるためにSize、Intensityでのソートも可能です。これによって肉眼では不可能であった定量も可能になります。
ただし、若干見逃す事もありますね...それはまぁ...ソフトですから...

機器は上記の面倒な操作を全自動でやってくれますからね。ラクですよ。
業者に言ってデモしてもらったら如何ですかね？タダですし...
ミネルバテックのKSは受託で結果をみせてくれるらしいです(機器を持参するのが面倒なのかも...）
MSテクノのCellularは確かメーカーの所に行かなくてはならないと思います(有名なユーザーならデリバリーするらしいですけど...腹立たしいですが...）。
コスモバイオはデモ機持参してくれました(我々は結局こちらにしましたが)。

ちなみにkitに関してですが、バックが低い事と組み合わせがよかった事もありましてMabtechを使用しています。R&D、BDでは評価の際にバックが高い事が多く、lot差も(個人的には)大きかったので。

何にせよ、文章だけですと曖昧になってしまうと思いますので一度業者さんにご依頼される事をお勧めします。

お礼

たびたびのご回答ありがとうございます。
カタログだけでは解らないような部分まで教えていただけ大変参考になります。回答者様のおっしゃられているように一度業者にデモを依頼することを考えてみたいと思います。