「製造業で（たとえば工員として）人を使っているが、計理処理上、人件費ではなく請負（外注費）として支払いをしている」ということでよろしいでしょうか？
ご質問文の中では「請負労働者」と、労働者という言葉を使っていらっしゃいますが、各種社会保険や労働の法律では「請負」は労働者ではないと見なされています。
言い換えれば「一人親方」とでもいいましょうか・・・。各種労働法における労働者とは、（法律によって微妙にずれがあるのですが）職業の種類を問わず、事業または事務所に使用される人で、労働の対価として「賃金」を支払われている人をいいます。
請負契約として契約を結び、経理処理上「人件費＝賃金」ではなく外注費などで支払われているのであれば、ここでいうところの「労働者」ではありませんので、雇用保険のみならず労災保険の対象からも外れることになります。
＜数年前まで雇用保険は加入していたのですが、調査により雇用保険は請負労働者なので加入できませんということで、喪失いたしました。＞
とのことですので、おそらく何らかのハローワークの調査にあたり、決算書などの経理帳簿から上記のことが判明したため喪失にいたったのでは？と思われます。
まずは税理士さんなども交え、経理処理がどのようになっているのか確認して下さい。その上で、やはり人件費としての支出がなされていない場合は労災保険をかけていてもいざというときの給付が受けられないことになると思われます。
近年、わざと「労働者」ではなく「請負」のかたちをとる事業所が多くなってきています。というのは、労働者には労働基準法とか保護規定がたくさんあり面倒なこと、また社会保険等の加入義務が発生するため企業の金銭的負担が増大することなどがあるからです。
ただ、役所は帳簿上だけでなく「実態重視」で判断しますので、今回のご質問だけでは何とも言い切れないのが正直なところです。実際、請負契約書というものをつくっていたとしてもその内容が、多分に「労働者」的な内容であれば、また就業の実態が「労働者」的であると判断されればこれは請負ではない、といわれてしまいます。
ですので、実態の分かる資料をお持ちになり労働基準監督署の労災課の判断をあおいで下さい。
そして、もし「労災保険該当せず」の判断が下った場合は、労災保険も脱退、ということになるでしょう。
（ただ、工員ではなく事務員さんなんかは人件費払いであればその人の分は労災保険をかけることになりますが）
払った分については時効の関係で２年分までは払い戻しができます。その際には該当年度分の資料をもって再び「調査」ということになるでしょう。（還付の場合、自己申告でというわけにはいかないようです）
また、「労働者」にしておくのか「請負」にしておくのかについては、それぞれにメリット、デメリットがありますので、今後の運用について監督署、ハローワークおよび顧問税理士や社会保険労務士にご相談なさって、改めてご考察戴きたいと思います。
お礼
＞「製造業で（たとえば工員として）人を使っているが、計理処理上、人件費ではなく請負（外注費）として支払いをしている」ということでよろしいでしょうか？ 外注費としてではなく、賃金として支払っています。 詳しく御回答頂き大変参考になりました、監督署等に相談してみます。 ありがとうございました。