難しい話ではありません。『請負の場合の建設業に携わった分は、その分の賃金を控除する』というより、(1)運送分は運送分だけの労賃で保険料を申告し、(2)建設業元請の分は別に税込請負額を元に申告し、(3)建設業下請の分は元請が申告するので関知しない、として、必要最小限の適正な申告(年度更新時の確定、概算申告)をするいうことです。現状では、(2)と(3)の賃金額が(1)に加算されているため、無駄な保険料を支払っていることになります。
こうして運送分の労賃と建設分の賃金を区分けする必要が生じます。賃金台帳を運送分と建設分の2本に分けるか、賃金台帳1本の中で、運送分と建設分の労賃を名目で区分けするかです。
後者の場合、時間外手当、精皆勤手当や交通費など月額支給される賃金も分ける必要がありますが、これらの全額を建設分に入れると、仕事の比率等から考えても脱法的な賃金体系の変更だと指摘される恐れがありますので、注意が必要です。
次回の年度更新まで約4ヶ月あるので、決算の当期分から、または05年4月からなど区切りのよいところから賃金台帳を起こし直す余裕はあると思いますが、事前に事務組合の担当社労士や所轄の労基署に確認の上で行うのがよいと思います。
また、上記に注文書や算定資料等とありますが、注文書等は会社の会計事務書類として綴りがあると思いますし、特に算定資料は必要ありません。申告内容の適正さがわかるよう賃金の区分けがされて、その数字が書面上に出れば、保険料の算定調査等にも対応できると思います。