HPLCでの保持時間の予測

質問

HPLCでペプチドの分離を行っています．

ペプチドの組成から，保持時間を予測する方法はないでしょうか？
逆相HPLCで，pH2の溶媒を用いています．

アミノ酸個々の保持係数は分かるのですが，ペプチドの長さ（主鎖）も影響するので，予測ができません．よろしくお願いします．

回答No.2

iris78 · ベストアンサー

遅くなってすみません。

個々のアミノ酸とペプチドの保持係数の関係をご覧になったとき
主鎖の長さも関係すると思いますが
pHはどのように考慮されましたか？

イオン性物質の疎水性はpHによって大きく変わりますよね。
たとえばカルボン酸はpHが高くなると解離して疎水性が下がり
アミンは低いpHでプロトンが付いて疎水性が下がります。

pH2のとき、アミノ酸ではプロトンが付加して＋になっていたα-アミノ基が
ペプチドではアミド結合によって中性になることで
疎水性が上がると思います。

ですから、側鎖の疎水性とペプチドの疎水性の相関を
ご覧になってはいかがでしょうか？
具体的には同じアミノ酸のポリぺプチドもしくは、
ブロックした部分の疎水性による影響が出るかもしれませんが
α-アミノ基とα-カルボキシル基をブロックしたアミノ酸
の保持時間との関係をみてみるとか。

お礼

＞遅くなってすみません

とんでもないです．
ありがとうございます．

（以下の保持係数は，すべてpH2.1）
ペプチドのN末端のアミノ基の保持係数は「-0.4」，C末端のカルボキシル基の保持係数は「6.9」
という報告があるので，これと，アミノ酸（α-アミノ基とα-カルボキシル基を省いたもの）の保持係数から，
ペプチドの，主鎖の影響を除いた保持係数を計算し，
この結果と実際のペプチドの保持時間から，
主鎖が位置残基増えるごとに，「3」をたしたら良いとわかりました．

すなわち，主鎖1残基あたりの保持係数は「3」だと思います．
実は忙しかったので，この「3」はかなり適当な数字で，もっと考慮しなければいけません．

分かりにくい文でもうしわけありません．
（寝不足で頭が回らない・・・・．←言い訳です）

回答No.1

iris78

見返してみますと10日ほど前に
>質問：疎水性度もしくはHPLC Retention coefficientについて
>構造が分かっている物質について，疎水性度もしくはRetention
>coefficient（保持係数と訳してよろしいのでしょうか？）
>を求めるツールなどはないでしょうか？
と質問されていますよね。
私は脂溶性logPを求めるのにPallasというソフトを
使っていました。
http://www.infocom.co.jp/bio/products/pallas/pallas.html

Pはn-オクタノールと水との間の分配係数だったと思います。
分子のパーツごとの疎水性の和を取るような計算をしていたようですので
主鎖が長くなっても近い値が出てくるのではないかと思います。

このソフトはpKaも求めることができるので
水層が中性でないときのlogP(この場合をlogDと呼んだかもしれません）
も計算してくれます。

既知のペプチドでpH=2のときのlogPと保持時間に相関があれば
予測に使えるのではないでしょうか。

logPだけなら化学構造式描画ソフトのChemDraw Ultra 7.0
http://products.cambridgesoft.com/ProdInfo.cfm?pid=235
でも計算してくれるようです。

あまりはっきりしない回答ですみません。

お礼

はっきりしないなんて，とんでもありません．
ずばり，Pallasのようなソフトを探していました．

ありがとうございました．
しかし，pallasはかなり高そうなソフトですね・・・・．
やはりお金をかけなければ無理なのでしょうか・・・・．

とにかく，有力な情報ありがとうございました．