通勤手当過払い分の返還について
通勤手当過払い分の返金について質問です。
二年程前にひどい渋滞に悩まされ、車通勤から自転車通勤に変えたのですが,その時に本来では通勤手当は無くなるはずが、会社側の事務処理のミスで現在に至るまで通勤手当が振り込まれていました。
つい先日、そのことで会社から過払い分の返還要求（24ヶ月分、約12万円）があったのですが,どうも納得できない点があるのです。
(1)自転車通勤に変えた時、変更届は会社にちゃんと提出した。
(2)入社時（4年前）に通勤手当に関する詳しい説明など無く、自分の確認不足もあるのですが、自転車でも手当てが出ると思っていた為、通勤手当が振り込まれ続けても不審に思わなかった。
(3)正常に事務処理が成されていれば通勤手当が振り込まれることはなく、その時点で改めて手当ての出る交通手段（バイク通勤など）に変更していた筈である。
(4)民法703条以下に不当利得について、法律上の原因なく他人の財産を取得していますので、返還する義務があるらしいですが、(善意者の場合)その利益が存する限りとされていますので現実に残っている金額を返せばよいことになっています。しかし、会社側は有無を言わさず全額返還を要求してきています。
特に(4)の「現実に残っている金額を返せばよい」についてですが、
残っている金額というのは(通勤手当－通勤時に掛かった実費)と解釈してよいのでしょうか？
自転車は確かに化石燃料が不要ですが、体内のエネルギーを消耗します。
(http://www.geocities.jp/jitensha_tanken/energy.html)によると、
自分の家から会社まで往復15km、平均速度20km、走行時間0.75h、体重60kgで計算しますと347kcal必要らしいです。更に筋肉のエネルギー変換効率を考慮して347*1.67=580kcal分の食事が必要とのこと。
これは例えばコンビニのおにぎり(180kcal,100円)でいうと約3個分、300円ぐらいかかることになり出勤日数20日とすると約6000円相当になります。
それに対し実際に支給されていた通勤費は約5000円であり、「現実に残っている金額」は計算上ゼロどころかマイナスになります。
確かに上記計算はあまりにも適当すぎるのは認めますが、自転車でも事実上実費が掛かるということを会社側に認めさせたいのです。自分の望みとしてはせめて折半にしてもらいたいのです。
今度、組合と相談して会社に対して上記の内容を訴えるつもりですが、果たして会社側は納得してくれるのでしょうか？
補足
早速の回答ありがとうございます。 妻を扶養からはずす手続きを忘れていたため発生した問題です。 妻が同じ職場に非常勤で勤めはじめ、これまで職場から何もいわれていなかったので気づかなかったのです。