MOLDAとTINKERについて

質問

pdbファイルをMOLDAでxyzに変換して、TINKERで計算を行いたいのですが、MOLDAをダウンロードできるサイトが見つかりませんでした。MOLDAをダウンロードできるサイトがあれば教えて下さい。

また、MOLDAをダウンロードできない場合、pdbファイルをxyzファイルに変換するソフト等があれば教えて頂けないでしょうか？

以上、よろしくお願いいたします。

回答No.2

chem-lupin · ベストアンサー

moldaは、公式サイト自体や広大のものもなくなっているようですね。
似た様なプログラムにWinmostarがあります。（moldaと同様にファイル変換は付属の機能です）
ここ暫くの最新版はわかりませんが、手元にある少し古い版のものが、[開く]に[PDB(*.pdb,*.ent)]があるのと、[XYZ形式で保存]というのがあるので、できるかもしれません。（tinkerなどを計算させる為に使ったことがないので、使えるかどうかは判りません）
有名なプログラムなので、直ぐに見つかると思います。(私はリンクを消してしまったので、参考URLはなしです。自分で探して下さい)
あと有名な所では、facioっていうプログラムがあります。手元にある版では、[Load ... Tinker XYZ(*.xyz)]があり、[Save as ... PDB]があるので、(tinker) xyzをPDBに変換することはできそうです。（目的と逆のことしかできませんが、結果を手元のPDBのブラウザで見る際には参考になるかなと思います）
（同様に困っている）他の人もこの質問のやりとりを見る可能性があるので、可・不可の結果を載せてくれると有難いです。

お礼

pdbファイルをWinmostarでxyzファイルに変換してみましたが、TINKERで読み込むことができませんでした。もしかすると、私のpdbファイルに問題があるのかもしれません。もう少し検討してみたいと思います。

ご回答ありがとうございました。

回答No.1

sizu-sizu

ども。開発者の吉田先生が2005年にご逝去されてからか，ダウンロードサイトは見つけられる範囲では全て閉鎖されていますね…
製品版のサイトならありましたが…15日の試用はできるみたいです。
http://www.maxnt.co.jp/MaxnetProducts/MOLDAQuLiS/

あと，アナログな対応ですが，ブルーバックスの「パソコンで見る 動く分子事典 CD-ROM付き」の第６版(2002年8月)以降の添付CD-ROMにはインストールプログラムが入っていましたが，これも吉田先生がご逝去された後の発刊分や，最新刊のDVD-ROM付きの本に収録されているかどうかは未確認です。書店で古いやつが残っていたらそれも手に入れる一つの手段かもしれません。

MOLDA以外のファイル変換ソフトは，すいません，わたしは存じません。
ご参考まで。

お礼

ご回答ありがとうございました。