clustalwにいれる配列のフォーマットについて

質問

Clustalwを使って、２つの遺伝子配列を比べようと試みています。

チュートリアルを検索して、その中にあった
FASTAフォーマットのサンプルの遺伝子配列を二つ比べたところ、問題なく結果を導きだしました。

しかし、Genbankから配列をコピーしてClustalwを使おうとしたところ、うまくいきません。
詳細を書かせていただきますと、genbankでnucleotideを検索して、
originの後にある１～//までをコピーして、
その間にあるスペースを全て消した配列を二つ並べました。

その結果、フォーマットが不明です、というメッセージが出てきました。

１　genbankで検索した遺伝子配列をどのようにclustalwにコピー、
ペーストしたらよいでしょうか？

２　genbankに載っている配列は、genbankフォーマットといわれているものだと認識しております。
このgenbankフォーマットではなく、FASTAフォーマットのみ
clustalWに使用できるのならば、
fastaフォーマットの遺伝子配列の検索ができるサイトを教えてください。

なにか不明な点がございましたら、聞いてください。
よろしくお願い致します。

回答No.1

miya_0726 · ベストアンサー

clustalWは、いわゆるFastA形式が連なっているMultiFastA形式の配列以外は受け付けてくれません。
GenBankフォーマットから配列をそのまま取ってもうまくいきません。
たとえばNCBIで
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=1131756
このような形で検索結果を見ているのでしたら、DisplayのところでFASTAを選択すればFastA形式で配列を得ることができます。
大体FastA形式で配列を取得できるような仕組みがあると思うのですが・・・。
より原始的には、GenBank形式の塩基番号だけ手で消して、先頭行に適当にコメントを挿入すればよいです。
Genetyxのような配列処理ソフトウェアにコピー＆ペーストすることでも塩基番号の数字は消すことができます。（できないのもありますが）

お礼

ありがとうございました！！

無事に解決することができました。
とても助かりました。