Swiss-ProtでTranslateした結果に出てくるアミノ酸配列の「5'3' Frame 1」というのは何ですか？

質問

例えば、このページ
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=62240391

の一番下のORIGINのところにある、mRNAの配列をコピーアンドペーストで、
Swiss-ProtのTranslate tool
（ http://kr.expasy.org/tools/dna.html　）に入力してTRANSLATE SEQUENCEをクリックし、結果を見ると、
「5'3' Frame 1」「5'3' Frame 2」「5'3' Frame 3」
「3'5' Frame 1」「3'5' Frame 2」「3'5' Frame 3」という６つの配列が出てきますが、
この「5'3' Frame 1」等というのは何ですか？

基礎的なことがわかっていないからだと思うのですが、このように６つ出てくるのがどういうことなのか、わかりません。
初歩的な質問ですみませんが、よろしくお願いします。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

遺伝子の位置や方向が未知のゲノムDNA配列などからアミノ酸配列を予測するときには、6通りの可能性があります。
すなわち、遺伝子が入力したDNA配列と順向きである場合（5'3'）と、逆向き（相補鎖側、3'5'）である場合の2通り X コドンがどのフレームをとるかで3通り　です。

遺伝子の向きがわかっているならどちらか一方向で、3通りのフレームについて調べればよく、さらに翻訳開始コドンやフレームが見当つけば、1 フレームだけ見ればよいです。

補足

早速回答ありがとうございます。
なるほど、６通りの可能性があるんですね。

では、質問文で例に出したケースのように、「NCBI」で何らかのタンパク質名をキーワードとして検索した結果を使って、アミノ酸配列がわかった場合、実際の遺伝子が、６通り出てきたうちのどれかということは判断できないものなのでしょうか？
（例：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=62240391　
の場合、このURLのページ下にあるmRNAの配列の、一番はじめのatgがはじめのコドンであると
考えて良いのでしょうか？
それとも、このデータを使った場合も、アミノ酸配列は6通りのいづれかであるということしかわからず、
実際そのうちのどれであるかは限定できないのでしょうか？）

説明が下手ですみませんが、おねがいします。

回答No.2

geneticist12

CDS 1..1572
/note="Sin a 2 long isoform; allergenic protein"
/codon_start=1
/product="11S globulin

この記載を見てください。
CDSはcoding sequenceで翻訳配列です。
/codon_start=1は、コドンフレームが登録された塩基配列の1塩基目から始まっていることをあらわしています。

お礼

再び回答ありがとうございます。
なるほど。CDSのこと等、知りませんでした。
geneticist12さん、どうもありがとうございました！