プロテインシークエンサについて

質問

プロテインシークエンサを使って、プロテアーゼで切断したタンパク質断片のアミノ酸配列を読んでいるんですが、解析の途中で1個か2個アミノ酸が読めなくなって（HPLCでピークが出なくなった）、それから再び読め始めること（ピークが出始めた）なんてあるんでしょうか？またそのような場合、読めなかった部分の解析はどのようにすればいいのでしょうか？諦めて例えば別のプロテアーゼを使って、違った断片を解析してみるとかでしょうか？
どなたか返答のほどよろしくお願い致します。

回答No.1

noname#53364 · ベストアンサー

アミノ酸残基が修飾（リン酸化や糖鎖）されていませんか？
そんな場合は読めません。
しかしながらそのようなアミノ酸は限られますので、
そのアミノ酸をねらって（酸で分解するかして）読めばわかります。
このあたりは一次解析についてかかれている本にでていると思いますので
詳しくはそちらを参考になさってください。

もう一つの可能性として、その部分はまだ十分に読める回数ですか？アミノ酸によってピークの高さが違うのでそのせいで読めなくなっている場合は、スタートの量を増やすなどして対応するしかないと思います。

お礼

ありがとうございました。今後の参考にさせていただきます。

回答No.3

illiteracy

Cysとかじゃないですよね？

回答No.2

rei00

前半部分については akiyamaharuka さん（お久し振りです）の回答がありますので，後半部分に関しての参考意見です。

　マススペクトルによる測定は行われましたでしょうか？　マススペクトルを測定する事で，そのタンパク質断片の分子量が求まります。これをアミノ酸分析で得られた結果と合わせれば，問題の位置が修飾されているかどうか，あるいは，単に検出できなかっただけか，が推定できると思われます。

　また，タンデム・マススペクトルを測定する事で，アミノ酸配列を求める事も可能です。この場合は，問題の位置についての情報が，その位置のアミノ酸殘基の質量数として得られます。

　うまくいくかどうかは，やってみないと判りませんが，可能なら試みて損は無いかと思います。

お礼

ありがとうございました。今後の参考にさせていただきます。