これは、とても良い質問ですね。
鋭い！
空気の分子の大きさは、たしかに０．１～１ｎｍオーダーです。
それに光の矢が見事的中する確率は非常に少なそうです。
しかし！
私達の周りには、金属、プラスチック、木、コンクリート・・・・・・
これらの原子の大きさも、やはり０．１～１ｎｍオーダーです。
じゃー、なんで見えるのでしょーか？
固体や液体は、空気に比べて大体１０００倍の密度を持っています。
そして、それらの原子配列の間隔は、１～１０ｎｍ程度です。
これでも説明がつきません。
じゃー、なんで見えるのでしょーか？！！！
正解は、「光が反射する」からです！
我々の目に見える物の反射には、私が思うに、大きく分けて３種類あります。
１．原子が光を受け、それをまた返してよこす
２．異なる物質同士の境目で反射
３．透明な物質であるはずなのに見える
以下、詳細説明。
１．
「原子が光を受け、それをまた返してよこす」
原子（の電子）が、光をいったん受け取り吸収し、それによって原子の状態が変わり、それが元通りに戻ろうとするときに、光を放出する。
（特に、金属については「ドルーデの法則」というのがあるそうだ。）
色のある物質については、その物質が、どの色の光を吸収するか、どの色の光を反射するかという性質によるものです。
身の回りにある、透明でない物質は、全て、これだと思って結構です。
２．
「異なる物質同士の境目で反射」
屈折率の異なる２つの物質が隣接しているとき、２つの物質の境界線で反射が起こる。
ガラスは透明ですよね？
しかし、ガラスの瓶は、我々の目には見えます。
米村でんじろう先生という方をご存知でしょうか？
先生が、昨年ぐらいにテレビでやっていた、興味深い実験があります。
それは、油を水槽一杯に溜めておき、その油の中にガラス瓶を入れると、ガラス瓶が消える！、というものでした。
油とガラスの屈折率の値は、非常に近く、したがって、油とガラスの境界では反射が起こりません。
ですから、水槽の中と一体のようになり、見えなくなるわけです。
３．
「透明な物質であるはずなのに見える」
透明な物質であっても、細かい粒々やデコボコがあると、鏡面のように単純な反射ではなく、光が散乱され、透明に見えなくなる。
曇りガラスは、ガラスでありながら、透明に見えません。
曇りガラスの表面は、ちょうど可視光線が散乱するのにちょうどよい小ささのデコボコになっているからです。
光は鏡面のように真っ直ぐ反射されず、様々な方向へ散らばります。
人間は、これを「白」と認識するのです。
（くもりガラスに水をかけると、透明になるのは、凹凸がなくなったのと似た状況になるからです）
白い紙もそうです。
紙の表面には小さい凹凸があります。ですから、鏡のような単純な反射でなく、あちこちに反射されるのです。
冬場のガラス窓の曇りも、全く同じことです。
クルマのフロントガラスの内側を拭くために「くもり止め一発」などのスプレーを使いますが、あれは界面活性剤でして、石鹸の仲間です。
一般に、水蒸気が水滴に戻るとき、「核」があると水滴になりやすくなります。核に水がくっ付くのです。
（飛行機雲は、この原理で発生するのです。）
界面活性剤入りのスプレー剤を使って、ガラス表面や鏡の表面を拭くと、核になる粒々（ほこりやタバコの煙など）をふき取る効果があるだけでなく、界面活性剤のガラスの濡れ性が強まり、細かい粒々の水滴が出来にくくなります。
では、なぜ空気が見えないか？
まず、氷は透明ですが、空気との屈折率の差によって、表面反射が起こり、それによって、氷の形（輪郭）は視認できます。
これを逆に考えましょう。
氷の中に閉じ込められた人間がいるとします。
氷の中の人間からは、氷は見えませんが、空気の輪郭は見えます！
さらに氷の表面をざらざらにします。
すると、氷の中の人間にとって、空気は白く見えます！
今度は、晴天の空を考えましょう。
太陽光のうち、上空の空気（粒子）で散乱されやすいのは紫・青で、残りの、若干黄色っぽいの光が地上に到達し、それが「太陽の丸い形」で見えます。
紫・青は、あちこちに散らばり、その結果、空全体が青く見えます。
つまり、「人間は、太陽光のスペクトルのうち青い成分を、上空大気という巨大スクリーンに投射するリアプロジェクションテレビで見ている」ということになります。
なお、
ご質問文にある
「X線はどうして眼に見えないのでしょうか」
についてですが、
これは今後、人類もしくは他の生物が突然変異・進化をしていったときに、Ｘ線を見ることができる生物が誕生するかもしれません。
そして、その生物がＸ線視認を強みにして、他の生物種との競合に勝てれば、存続するでしょう。
シャチやイルカが、人間が聞くことの出来ない周波数帯の音を聞けるのは、そのような機能を強みにして代々生き残ったということでしょう。
ただ、Ｘ線は、地球上の生物の柔らかいところは透過してしまうので、将来の人類？が、その機能を有するのは難しいかもしれませんが。
