膜貫通ドメインの検索

質問

SMARTというサイトをつかって、蛋白質の膜貫通ドメインの検索をしているのですがどうも納得がいきません。

既知の６回膜貫通タンパクの配列をいれても４、５箇所しか「膜貫通ドメイン」として出て来ません。

どこか信頼のおけるサイトを御存じないでしょうか？

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

http://au.expasy.org/tools/
からリンクの張られているサイトをあげときます。
私はTopPred（Mac版）をずっと使っていました。

こういうのは、パラメータ次第で判定が変わってくるので、ソフトの違いだけで異なる結果がでるというわけでもないと思いますが。

http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/
http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
http://bioinfo.limbo.ifm.liu.se/tmap/
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/toppred.html
http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html

回答No.1

shimuraushiro

私SOSUIというのを使っています。これもSMART同様
に正確に出ないケースもありますが、ご参考まで。

参考URL：

http://sosui.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuiframe0.html