ベストアンサー マイクロアレイ，GeneChip，クラスター解析，パスウエイ解析の目的について簡単に教えてください 2006/02/07 14:57 自分の専門外の言葉に悩まされています． ご専門の方おられましたら，上記4つの遺伝子発現解析の目的や違いを簡単にご教示いただけますでしょうか． みんなの回答 （1） 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー MIYD ベストアンサー率44% (405/905) 2006/02/07 18:07 回答No.1 マイクロアレイ解析をやっているグループにいるだけで専門家ではありませんが 解析を行う目的は使用者が決めることですので、 違いについてご説明しますと ○マイクロアレイとgenechipは基本的には同じです。 genechipはアフィメトリックス社の登録商標です。 あるサンプルに含まれる特定の配列を持つDNAまたはRNAの存在量を調べたり、 複数のサンプル間の存在比を調べることができます。 簡単に言うとノーザンブロット解析やRT-PCRを一度に数千から数万個行うことができる操作です。 ○クラスター解析 複数のサンプルをマイクロアレイで解析し、 得られた結果から変化している遺伝子群を抽出する解析法です。 発現量が増加(または減少)する遺伝子群には何が含まれているのかなどがわかります。 ○パスウェイ解析 複数のサンプルをマイクロアレイで解析し得られた結果と、 既知の代謝などの経路に関与している遺伝子の情報を照合して、 どのような経路に変化があったのかを調べる解析法です。 サンプル間でどのような経路の活性化（抑制）が起こっているのかがわかります。 質問者 お礼 2006/02/08 09:38 いつもお世話になります．早速の回答ありがとうございました．参考にさせていただきます．おそらくまた質問することがあると思いますが，その時はよろしくお願いします． 質問者 補足 2006/02/08 10:31 マイクロアレイをやっている方にお聞きしたかった事があるので補足質問させてください． （１） 数多くの遺伝子発現量を調べる際，再現性が問題になりますし，何らかのアーティファクトが出ることもあると思うのですが，一般的には同じサンプルで何回くらいアレイにかけるのでしょうか．例えば，3回やって平均値をとるとかでしょうか． （２） ある目的に応じ遺伝子をピックアップして作成された遺伝子数の少ない自家製マイクロアレイと，それらの遺伝子を含みかつ他の遺伝子も大量に検索できるマイクロアレイのメリットとデメリットにはどういうものがあるのでしょうか．やはり再現性の問題でしょうか． （３） 『検索できる遺伝子数が多い方がいいという問題でもない』という話も聞いたのですが，素人的には「大は小を兼ねる」と思い，せっかく解析するなら多い方がいいのでは，と考えてしまいます．実際のところどうなのでしょう．何かご意見がありましたらお聞きしたいです． 何度もすみません． 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学生物学 関連するQ&A マイクロアレイ解析に関する基本的な質問 今後マイクロアレイ解析を実験に組み込もうかと考えています．実際には外注することになるのですが，基本的なことについていくつか疑問に思ったことがあったので質問させてください． （１） 数多くの遺伝子発現量を調べる際，再現性が問題になりますし，何らかのアーティファクトが出ることもあると思うのですが，一般的には同じサンプルで何回くらいアレイにかけるのでしょうか．例えば，3回やって平均値をとるとかでしょうか． （２） ある目的に応じ遺伝子をピックアップして作成された遺伝子数の少ない自家製マイクロアレイと，それらの遺伝子を含みかつ他の遺伝子も大量に検索できるマイクロアレイのメリットとデメリットにはどういうものがあるのでしょうか．実験の目的（検索したい遺伝子数）によるのでしょうが，それ以外で何か差はあるのでしょうか．例えば再現性の問題とか…． （３） 上の質問と関連するのですが，『検索できる遺伝子数が多い方がいいという問題でもない』という話を聞きました．素人的には「大は小を兼ねる」と思い，せっかく解析するなら多い方がいいのでは，と考えてしまいます．実際のところどうなのでしょう．実際に解析されている方，何かご意見がありましたらお聞きしたいです． マイクロアレイのデータ解析 affymetrix社のGenechipを使っている マイクロアレイ初心者です。 データ解析手順について教えて下さい。 現在、p<0.05かつ発現量が2倍以上・1/2以下に 変化している遺伝子を抽出した段階なのですが、 参考書等読んでもこの先どのように解析を 進めれば良いのかよくわからず困っています。 また、現在の抽出遺伝子数が1000程なので、更にAbsolute callによる抽出等も必要になってくるかと思うのですが具体的にどう抽出すればいいのかわかりません。 どなたかご指南ください。 よろしくお願いします。 マイクロアレイの会社選び マイクロアレイによる遺伝子発現解析を行おうと思うのですが、どの会社を選べばよいのか迷っています。 基本的に受託で行おうと思っているのですが、会社によって精度などの違いはあるのでしょうか。 また、おすすめの会社等あれば、教えていただきたいです。 調べたい遺伝子群は、炎症系、腫瘍系、細胞内シグナル伝達系です。 よろしくお願いします。 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム ＤＮＡマイクロアレイによる遺伝子発現解析 どうも私理学系の化学系の修士のものなんですが 私たちが単離した化学物質の機能解明で とあるたんぱく質との相互作用の解明を行っていたのですが 最近ＤＮＡ発現の側面から解析したいと思っています。 ＤＮＡマイクロアレイの解析を利用して遺伝子発現を調べる技術を使って 私たちのように異なる分野の人間が少し勉強して研究するのは 不可能なんでしょうか？ もしＤＮＡマイクロアレイなどをつかって研究をなさっている方がいらっしゃいましたら アドバイスお願いします。 マイクロアレイ 正常個体と病気個体との遺伝子間の比較のため、1stスクリーニングとしてマイクロアレイで遺伝子発現を調べ、違いが出たらその後ノーザンなどで詳しく調べたいと思っているのですが、ヒトのように遺伝子配列が明らかにされていない動物にでも有効な方法なのでしょうか？ あまり方法論がよくわかっていないので初歩的な質問で申し訳ないのですが、どの程度まであらかじめわかっている必要があるのでしょうか？ ある資料から、「マイクロアレイを実施し、臓器から遺伝子発現の変動をある ある資料から、「マイクロアレイを実施し、臓器から遺伝子発現の変動をあるものをグラフ（遺伝子検索）にした．」と記載したとあったんですが、マイクロアレイをした時点で遺伝子の発現はででいるので、遺伝子検索をして遺伝子のグラフを表したということがわかりません．マイクロアレイとは、遺伝子解析で、遺伝子の変動をみるもので、そこから遺伝子の検索をするというのは、どういうことでどういう遺伝子がわかるのでしょうか？（マイクロアレイの遺伝子解析とは、遺伝子発現の数値化だけができる？）基本的なことかもしれませんが、よろしくお願いします。 マイクロアレイ解析で，Gene bank（遺伝子ライブラリー）の表記で マイクロアレイ解析で，Gene bank（遺伝子ライブラリー）の表記で，「NM～」のものと「AK～」の違いはなんでしょうか？また，遺伝子検索をかけて同じ遺伝子の傾向を示したものは同じ遺伝子配列と思っていいのでしょうか？ レポータータンパク質を利用した発現解析について 遺伝子の発現パターンや発現量を調べるときに使う方法で、５’上流域をＧＦＰなどのレポータータンパク質遺伝子に融合させたキメラ遺伝子を作成して、それをゲノムに導入した生物においてレポータータンパク質の発現を解析する方法がありますが、 この方法では厳密には本来の遺伝子の発現パターンや量を解析しない場合がある、ということを聞きました。 どういった場合に解析ができなくなるのでしょうか？ 遺伝子解析についてです。 遺伝子解析についてです。 脳の高次機能でNMDAやNGF，GABA，ドーパミン，セロトニンを遺伝子解析して，薬物による脳への影響を調べる文献を以前見たことがあるのですが，脳への影響をみる上でなぜNMDAやNGF，GABA，ドーパミン，セロトニンを遺伝子解析（発現）を評価するのでしょうか？（どの文献かは分からないのですが，脳の記憶に関する文献だったと思います。）一般的に脳への影響では，どのような遺伝を解析して，また上記のような遺伝子場合では，脳でどんな機能または作用をもつと考えられているのでしょうか？ 網羅的な発現解析 ゲノム未解析の生物において、ある条件のみで発現する遺伝子群を網羅的に解析する方法にはどのようなものがあるのでしょうか？ マイクロアレイデータからの遺伝子の絞り込み マイクロアレイ解析超初心者です。 データを解析する際、膨大な遺伝子リストの中から、たとえばキナーゼ、転写因子、膜タンパク、分泌タンパク、などで遺伝子群を分類したいのですが、そのようなことは可能なのでしょうか？また、可能であれば、その方法を教えていただけますでしょうか？ マイクロアレイ解析の経験がなく、データだけがあるのですが、右も左もわからない状態です。 ラボのPCには、dChip(フリーソフト)とDAVID(web)があります。 解析ソフトにお金をかけられないので、これらか、他のフリーソフトで解析できる方法をさがしています。 マイクロアレイについての知識も乏しく、おかしなことを言っているかもしれませんが、わかる方がいたらよろしくおねがいします。 遺伝子と発現産物の解析法 大学生の女です☆ 遺伝子と発現産物の解析法について知りたいです。。 どのような解析法があるのでしょうか？？ 私が考えたのは、マイクロアレイを利用した方法なのですが、どうでしょうか？ 他の方法、解析法がありましたら教えてください！！ よろしくお願い致しますm(__)m 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム 遺伝子 解析方法 「目的物質の合成遺伝子の解析方法」について調べているのですが、この文のいみがわかりません、、、、もう少しわかりやすく言い換えていただけないでしょうか？ 合成された遺伝子が何なのかを解析する方法ということなのでしょうか？？ 統計解析法に関して 統計学に関しては全くの初心者です。現在、ある疾患の原因究明の研究に携わっています。具体的には、死後脳を使って候補遺伝子の発現量の違いを疾患群と健常者群とで比較検討を行います。そこで、データの解析法について御指導していただきたく存じます。論文など参考にするのですが、結果のみでそこにいきつくまでの考え方、解析の流れなどが判然といたしません。 得られた発現データと診断にてT検定を行うだけならクリアカットですが、死後脳を扱うために種々の影響を考えないといけないのではないかと思っています。実際、論文にはPMI（死後、脳摘出までの時間）、pH、死亡年齢などを考慮したように書いてあります。私の扱っているサンプルも調べてみると疾患群と健常者群でPMIなど有意な差があります。そのため、診断以外の変数が遺伝子の発現に影響している可能性を考える必要があるかと思います。素人なりに考えたのですが、それは重回帰分析をすればよろしいのでしょうか。それで発現量に影響を及ぼしている変数が見つかれば、それを共変量としてANCOVAを行う。発現量に影響を与える変数が見つからなければ、T検定もしくはOne-way ANOVAを行う。こういった考え方でよろしいでしょうか。統計ソフトはSTATISTICAを使う予定です。何卒、御指導の程よろしくお願いします。 ゲノム解析 ゲノム解析 １．ヒトゲノムプロジェクトでは、ヒトのDNA配列を明らかにしたと聞いたことがあるのですが、その中のそれぞれの遺伝子の位置や機能をすべて解明したわけではないのですか？ ２．ゲノム全体の中から、どこがイントロンでどこがエキソンで、どの遺伝子がどこで発現し、どう働くのかは、現在どのような方法で解析できるのでしょうか？ ３．ヒトの持つDNAには個々で変異などがあって、すべて同じ配列ではないと思うのですが、ヒトゲノムプロジェクトでは、それをどのように「ヒトのDNA配列」としてデータベース化しているのでしょうか？ まったくの素人なので、質問の意味が伝わらなければ申し訳ございません。 教えていただければうれしいです。 クローニングとサブクローニング（長文になってしまいました） 植物を実験材料として扱っているのですが、植物からある特定の遺伝子を単離して、発現ベクターへ組み込む際、RT-PCR等でまずその特定の遺伝子を単離したとします。 この単離した遺伝子をまずpUC119等のベクターに組み込んでシークエンス解析を行い、配列が正しいか確認します。 シークエンス解析をし、あたりの配列をまた切り出して、発現ベクターへ組み込みます。 この作業において、僕は今までそれぞれここの作業はクローニング、実験系全体を見ると、pUC119に導入するのはサブクローニングで、発現ベクターに導入するのがクローニングだと思っていたのですが、どうも違うようなのです。 どなたかこの2つの言葉の違いをはっきりとした定義を教えていただけないでしょうか？（まわりくどい説明で申し訳ありません） マイクロアレイ法と質量分析法はどちらがよい？ 遺伝子解析に使われる方法としてマイクロアレイ法と質量分析法は現在どちらの方が優れているんでしょうか？ 詳しい方教えてください。 マイクロアレイのプローブと遺伝子名の対応関係 私はこれから「Array Express」というデータベースにあるマイクロアレイのデータを解析したいと考えています。解析を行おうと考えているデータは「Affymetrix Yeast 2.0」です。このデータを解析する際に、マイクロアレイの中のプローブをすべて遺伝子の名前に変換したいと考えているのですが、プローブと遺伝子名との対応関係が分かりません。マイクロアレイのプローブと遺伝子名の対応関係のデータのある場所をご存じの方がみえましたら教えて頂けると助かります。よろしくお願い致します。 オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて ふと疑問に思ったので質問させていただきます。 異なる種でも同じ遺伝子、すなわちオルソログの遺伝子を持つことがありますが、そのオルソログ遺伝子の発現のレベルの違いをRT-PCRを用いて調べることは可能なのでしょうか？ 例えば2種類の植物から同じ発達段階、組織からRNAを抽出し、RT-PCRにより目的のオルソログ遺伝子を増幅させます。同時にアクチンなどなにか指標になるような遺伝子も増幅させ、それとの比較により遺伝子の発現レベルに違いがあるとはいえるのでしょうか？ いろいろ文献をあたってみましたがこのような実験を見つけることができなかったため、なにか問題点があるのではと思っているのですが、もしご存知の方がおられましたら、教えていただけると嬉しいです。 cDNAライブラリーからのDNAアレイ作成について 遺伝子発現を網羅的に解析する方法として、DNAマイクロアレイがありますが、ある本で「cDNAライブラリーからランダムにクローンをピックアップしてDNAアレイを作成する・・・」とありましたが、具体的にはどのようなことをするのでしょうか。 クローンをピックアップとは、大腸菌のコロニーをランダムにとるってことなのでしょうか。。。 どのようなことをするのかが、あまりイメージ出来ませんので、実際の実験法等について教えて頂ければと思います。 よろしくお願いします。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
お礼
いつもお世話になります．早速の回答ありがとうございました．参考にさせていただきます．おそらくまた質問することがあると思いますが，その時はよろしくお願いします．
補足
マイクロアレイをやっている方にお聞きしたかった事があるので補足質問させてください． （１） 数多くの遺伝子発現量を調べる際，再現性が問題になりますし，何らかのアーティファクトが出ることもあると思うのですが，一般的には同じサンプルで何回くらいアレイにかけるのでしょうか．例えば，3回やって平均値をとるとかでしょうか． （２） ある目的に応じ遺伝子をピックアップして作成された遺伝子数の少ない自家製マイクロアレイと，それらの遺伝子を含みかつ他の遺伝子も大量に検索できるマイクロアレイのメリットとデメリットにはどういうものがあるのでしょうか．やはり再現性の問題でしょうか． （３） 『検索できる遺伝子数が多い方がいいという問題でもない』という話も聞いたのですが，素人的には「大は小を兼ねる」と思い，せっかく解析するなら多い方がいいのでは，と考えてしまいます．実際のところどうなのでしょう．何かご意見がありましたらお聞きしたいです． 何度もすみません．