細胞小器官に存在するタンパク質の検索

質問

タンパク質データベースではタンパク質をどのオルガネラ局在であるかを条件に調べることが可能と理解しておりますが、その中でさらに
「ミトコンドリア内膜に局在する分子量13kDaのタンパク質」
などというように、細かい局在、または分子量からタンパク質を検索することは可能でしょうか？
また可能で、その方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教授願います。

具体的には、2次元電気泳動の後CBB染色したサンプルについて、検出したバンドがどのようなタンパク質かを調べたいのですが、文献をあたるのはなかなかに骨が折れそうなので質問しました。
文献をあたらないと無理なのかなとは覚悟はしているのですが・・・

回答No.2

Sbacteria · ベストアンサー

2D-PAGEのスポットをMASSにかけて、ヒットするタンパク質のデータベースを作るのなら、最初はあまり限定しないで、とにかく相同性（一致度）が高いものをリストアップして、それを種にして調べていくしかないと思います。実際問題として、オルガネラの局在などがわかているタンパク質は限定されている（種が決まっている）ので、相同性だけでは落ちる可能性がある事（すごく保存性の高いものだけを検出するのなら話は別ですが．．．）と、生化学的な特徴付けはなされていても局在が調べられていないものが見落とされる危険性があること等から、面白いものを探そうと思うのなら、広く探した方がデータベースとしても今後有効になりますよ。

ただ、ご存じかもしれませんが、2D-PAGEのデータベースなら
http://au.expasy.org/ch2d/　
が有名です。

補足

ありがとうございます。
マスというか、外注でEdman配列分析に出す予定なのですが、出す前にこちらで候補を知っておきたいということらしいです。
なので、まだ配列分かってないのでホモロジーはかけられないのです。
expasyは今探してるのですがなかなか絞れず・・・
何か他にアドバイスがあったらお願いできませんか？
よろしくお願いします。

回答No.3

Sbacteria

どんな生物種の何を2D-PAGEにかけたのか知りませんが、２Ｄ上の位置だけで類推するのはあまり意味があるとは思えないですね。多分、他のデータベースの再現性を見るだけでもかなり困難を伴い、結局確かなのは、大きなスポットだけになるような気がします。
　それより、近くにMASSは無いのですか？エドマンでN末から20個も決まれば、分かるかもしれませんが、不確かな６，７個しか決まらないときはどうしますか？Ｎ末側が保存性が高いタンパク質なら、それでも決められるでしょうが、保存性が低いときはどうしますか？
　こういうことを考えると、in silico に頼らずに、できるだけwetなデータを集める事を心掛けた方が、早くたどり着けると思いますよ。どこかでMASSを借りましょう（エドマンより随分安上がりですよ）。

お礼

なるほど・・・
うちのボスがなぜマスでなくエドマンを選択したのか、実はちょっとはかりかねているのですが、マスができないか提案してみます。
ありがとうございました。

回答No.1

suiran2

「ミトコンドリア内膜に局在する分子量13kDaのタンパク質」
で検索しましたら，URF13というタンパク質がヒットしました。

さらにURF13で検索すると，ヒットするものが多数あります。下記はその一つです。ATPaseさんが植物か動物かも分かりませんが，雄性不稔に関するタンパクのようです。医学系でもヒットしますね。何かの参考になりましたなら…
http://www.affrc.go.jp:8001/mugilink/mol/kouen2/asakura2.htm

お礼

ありがとうございました！