自信はありませんが、私の考えを申し上げます。
結論を言えば、現在の賃貸借契約の終了が会社の命によるか、貴方ご自信の都合によるかに関係なく、敷金の償却分は会社ではなく貴方のご負担になるものと思われます。
敷金は賃貸人が賃借人に対して取得する延滞賃料債権や、借家の汚損・破損等による損害賠償債権等を担保するために家主に交付されているものです。
敷金の清算が建物の明渡時に行われるからといって、償却の原因たる汚破損により貴方が家主に対して負担する損害賠償債務は汚破損時点で既に（潜在的だとしても）発生しており、便宜上その清算が契約終了時に行われるにすぎないものと考えられます。
つまり、賃貸借契約の終了原因が何であろうと、建物を汚したり壊したりした人が弁償すべきなのです。
会社の命により解約しなければならなくなったとしても、それは単に清算時期が繰り上がったにすぎないと考えられます。
厳密に考えれば、その繰り上がった分に相当する利息は会社が負担すべきとも考えられます。
例えば、敷金が10万円減額され、会社の命により解約が1年繰り上がったとしたなら、その10万円に対する年5％である5000円を会社に請求できる根拠はあると思いますが、認められるかどうかは分かりません。
但し、急な転勤で契約上の解約予告ができなかった場合の違約金、例えば1ヶ月分の家賃などは会社に負担してもらえる可能性はあると思います。
ちなみに貸主から見れば、解約の原因が誰の責任かは全く関係ありません。従って、会社に負担してもらえるとしても、一次的に家主に支払わなければならないのは直接契約者たる貴方です。
