化学結合でにおいが変わるわけではなくて、ある化学種が鼻のレセプターにくっついたとき、知覚されるかされないかで匂いが変わると思います。化学的根拠、というよりは医学・生物学的根拠が大きいでしょう。
もちろん、その背景には、これ以前にbomber cさんがおっしゃるような歴史的背景があるわけです。魚が腐ったときに発するアンモニア臭だったり、火山性毒ガスの硫化水素臭だったり、生命の危険にさらされる場合は臭いの情報によるのが大きいように思います。
アンモニアや、ピリジンや、ピロリジンなど含窒素化合物は臭かったり、チオールやスルフィドなどの含硫黄化合物が臭かったりと、その化学種に依存しているのではないでしょうか。酸素(O2)は無臭ですが、オゾン(O3)は臭いますしね。
ちなみに、結合様式によっても違っていて、シクロヘキサン(sp3)とベンゼン(sp2)では全く匂いが違います。構造異性体のn-ブタノールとtert-ブタノールでも匂いが違います。これらもやはり、鼻のレセプターの受け取り方が違うせいじゃないでしょうか。
お礼
ということは、人間が臭いと思っていても 猫には臭くないものとか、 鳥にはきついにおいでも、人間には無臭のもの とかあるんでしょうね。 どうもありがとうございました。