沢山あります。
農作物とくに野菜や果物の場合は鮮度が重視されます。
輸送機関が未発達な時代には、結局は地産地消ということになります。
地域特有の農作物が沢山それぞれの地域で生産されていました。
現在でも京野菜と呼ばれる野菜類は関東など他の地域のスーパーでは簡単には手に入りません。
輸送機関が発達した結果、現在のように集中生産大量生産が可能になりました。
全国版の野菜が地域特有の野菜を次々と駆逐してしまいました。
関東特に東京については下記のようなサイトがあります。
江戸東京野菜のまち「小金井市」｜どこでどんな野菜が作られていた？
www.edotokyo-yasai.jp/edoyasai/edoyasai_nani/edoyasai_nani-0...
下記の野菜が作られなくなったとされています。
真桑瓜 大越瓜（おおしろうり 三河島菜 滝野川ニンジン 高井戸節成キュウリ 馬込半白節成キュウリ 豊島枝成キュウリ亀戸大根 大蔵大根 練馬大根 居留木橋カボチャ
おそらく全国各地で同じようなことが起きているものと思います。
江戸東京野菜Q&A - 江戸東京野菜のまち
www.edotokyo-yasai.jp/edoyasai/edoyasai_nani/index.html
記事の中にこんなことも書かれています。
最近の野菜は、市場（取引先）の要請に応える形で形質が変えられています。多くの人が「小松菜」だと思っているものは、みかけは小松菜ですが、中国野菜のターツァイなどと掛け合わされたものとなっています。
昔の小松菜は収穫後２日もすると、すっかりしおれてしまいましたが、最近の小松菜は１週間たっても、見かけは新鮮そのものというものもあります。
青首大根も朝鮮半島の大根と掛け合わせて、皮が固く水分の多いもの（これも見かけはいつまでも新鮮ですし、育てるときもひび割れしません）になっています。
品種改良が進んだ結果、同じ野菜でも厳密に言うと違うものを育てて食べているようです。
品種改良の結果りんごや梨も以前作られていた品種は見かけなくなってきています。
りんご：国光、雪の下、旭、デリシャス、スターキングetc
梨：長十郎
サツマイモも昔の品種は無いのではないかと思います。
最近の町興し村興し運動で地域特有の野菜も復活してきているようです。
道の駅などでの特売も人気が出ているようです
こんなサイトもあります
日本むかし野菜｜大地を守る会 企業情報［ソーシャルビジネス（社会的 ...
www.daichi.or.jp/corporate/business/action/tokutaro/
いわき昔野菜 - 福島県 いわき市 - 農業サービス | Facebook
ja-jp.facebook.com/iwaki.mukashiyasai
こうなると「ほとんど作られない」という「ほとんど」の基準をどこに置くかで変わってくるでしょう。
全国ベースでみるか、地域ベースでみるかで変わってくるかと思います。
お礼
詳しい回答、ありがとうございます。