バイオインフォマティクスに詳しい方

質問

今回、次世代シークエンサーを使ってRNAseqを行いました。（委託）
そこで、委託会社のほうで解析をしていただき、exelファイルで発現量変化がわかるようになっています。
そこで、geneID（今回はマウスなのでNM_........のように）で表示されています。
このgeneIDをもとに遺伝子の名前を全てにつけたいのです。
例えば、NM_000001はAkt1みたいな感じにexelファイルにしたのです。
バイオインフォマティクスの知識がほとんどないので地道に一つずつやっていくぐらいしか方法が思い浮かびません。
どなたがバイオインフォマティクスに精通している方ご教授いただけないでしょうか？

回答No.1

larme001

エクセルのタブファイルとかFASTA形式のリスト等になっているのであれば、オンラインの変換ツールを探してやるのが一番早いと思います。たとえば以下のHPは解析としてもそれなりに有名です。日本語ではないかもしれないので英語のサイトを検索してみてください。

http://david.abcc.ncifcrf.gov/

目的に完全にあった一括返還をできるプログラムが見つからない場合は、自前で簡単なプログラムを作製するしかありません。Pealとかが得意なんじゃないでしょうか？そこそこかじったことがある人だったらたぶん対応できると思います。それさえ完全にチンプンカンプンという場合は、知り合いでそういうデータを扱ったことのある人にお願いするとか、あるいは金払って委託した業者にrefseqのIDじゃないものに変換してくれとお願いするしかないんじゃないかなあと思います。

まああとは、その段階でつまづくということはRNAseqの結果自体を全体的に見てパスウェイ解析などをするのも難しいでしょうから、その辺を含めてどっかと共同研究にしてしまうとか。