3文字目の「つ」は、
tsu がヘボン式
tu が訓令式
になります。
2文字目ですが、「つつむ」の「つ」が濁ったものですので、質問者さんも書かれているように日本語表記では「づ」ですよね。なので"du"としたいところですが、ヘボン式も訓令式も"zu"と表記します。(つまり、「ず」も「づ」も"zu"なんですね。)
余談ですが、もう一つ日本式というのがあって(これは訓令式が元になってます)、この日本式では"du"になってますが、今は一般的ではありません。
以上より、
ヘボン式ならば kozutsumi
訓令式ならば kozutumi
(日本式ならば kodutumi)
となります。
kodutsumi は方式が混在していることになり、厳密には間違いです。
お礼
各方式に基づき理論的にシュアーなお答えをいただけたと思います。ありがとうございました。