WWWサーバー上のゴミをクリーンアップする方法

質問

仕事で困っていることがあり、相談させて頂きました。

・WWWサーバーの公開ディレクトリ内に、約12,000のファイルがあります。
・しかし、そのうちの７～８割ほどは、過去の情報などに関するゴミファイルで、トップページからリンクを辿って到達することができません。
・これらのゴミファイルをすべて削除したいと思っています。

この作業をうまく進めるためのツール、サービス等をご存知でしょうか？
公開ファイルの一覧は容易に取得できるので、存在している全てのリンクを正確に洗い出すことができれば、突合せをして作業完了、と考えたのですが、そのための良いツール、サービスが見当たりませんでした。
W3C Link Checker(http://validator.w3.org/checklink)が、求めているものに近い機能を持っているのですが、JavaScriptによるリンクを洗い上げることができません。

この方法に拘らず、もともとの要件を解決できるツールやアイデアをお持ちの方、お願い致します。

回答No.1

noname#6306

FTPソフトでのミラーリングアップロードで解決しませんか？

補足

いえ、ローカル側にもホスト側にも同じゴミファイルが存在する状態なのです・・