税法的には年末調整で控除を受けなくても確定申告で受ければいいだけですから「会社を通じずに適用を受けることは可能」ですが、住民税が変化しますので、特別徴収の手続きの中で、住民税額の変化により経理担当が住宅取得控除を受けてることを知る可能性もあります。
知りえたことは他人に言わないのが、経理担当の義務でしょうが、その守秘義務がどこまで守られるかなど保証の限りではありません。
ローン控除申請書類に「居住事実の証明」として、新住宅での住民票があります。
会社へ住所変更届を出さないで済むならいいでしょうが、保険の関係などで、そうもいかないでしょう。
既述ですが住民税の特別徴収の書類で住所変更は会社が把握できてしまいますから、適当にごまかすといっても限度があるでしょう。住所変更について会社側に伝えないという事自体は長続きしないことだと思います。
福利厚生が充実してる会社ですと、賃貸なら手当てを出すので家賃を教えてくれといいかもしれません。
そのあたりも、ごまかしていけるでしょうが、長続きするごまかしではないと感じます。
ローン控除を受けたら住民票を会社に届けてる住所に戻してしまうという、恐るべき手がありますが、ローン控除そのものを受けることができなくなってしまう「税務署を恐れない行為」です。
その後の確定申告時に源泉徴収票の住所地(会社で把握してる住所)とローン控除を受けるための証明書の住所が違ってしまうので困ることになります。
社風によるでしょうが、会社の方が家に来る可能性はゼロでしょうか。
家って「自分の家」なのか「賃貸物権なのか」はわかるのではないでしょうか。
賃貸ですと柱に釘を打ち込むことはしません。
「自分の家だからこそできる」ように家はなりますから、それは他人が見てわかると思います。
新しく家を買ったこと自体をバレないようにするということは、ローン控除を受ける受けないに関係なく、至難な業のように感じます。