点数を決めるのは人間ですから、間違いはあってはなりませんが、あり得ます。
お話の限りでは、間違いだと思われます。こうしては如何でしょう。まずダメモトで成績責任者に事情を書き、写しを取り、学部長と、成績管理の責任者(事務局長か教務課長でしょう)あてに出す。
もし誰かが呼び出してくれたら、誰かが何かしなくてはと言い始めた訳ですから、怖じけないで、話をつけに行く。レポートのどこがいけないのか、なぜ D なのか説明してもらう。
その D をくれた先生が、主任教授でなければ、主任教授に会って、問題の説明をし、善処を求める。
いろいろ方法はあると思いますが、級友、先輩、ご両親、などとよく話し合って、意見を聞く。黙って一人でしまい込むと、ご自身の成績が悪かったことになります。
鉄は赤いうちに打て、あまり待たない方がいいです。頑張って下さい。