αヘリックスのアミノ酸配列が「Lys-His-Cys-Gly-Met-

質問

αヘリックスのアミノ酸配列が「Lys-His-Cys-Gly-Met-Pro-Phe」の様になる確率を求めたいのですが、どのように計算したらよいのでしょうか？教えてください。お願いします。

それぞれのアミノ酸がαヘリックスの中に存在する相対頻度は、
Lys: 1.23
His: 1.22
Cys: 1.11
Gly: 0.56
Met: 1.47
Pro: 0.52
Phe: 1.07 です。

回答No.1

prumin · ベストアンサー

その設問では解答が出ません。
αへリックスの長さを無視しているのが問題で，
求めたい確率が，αへリックスが７アミノ酸の長さで，かつその配列が上述になる確率なのか，
７アミノ酸のαへリックスがあったときに，その配列が上述の配列になる確率なのか，
などです。
長さを絞り込まないなら，答えは実際の生物から測定しない限り出ません。
（１０アミノ酸のαヘリックス中に見つかる可能性と，
1000アミノ酸のヘリックス中に見つかる可能性では全然意味が違いますよね？）

補足

確かにαへリックスの長さが変わると確率も全然違ってきますね。

もし、αへリックスが７アミノ酸の長さで，かつその配列が上述になる確率を聞かれている場合、
(1.23*1.22*1.11*056*1.47*0.52*1.07) / 20^7 になりますよね。
Lysがある確率は1.23/20、Hisがある確率は1.22/20、、、、のようになるので。

この考え方で合ってますよね？

回答No.2

prumin

>もし、αへリックスが７アミノ酸の長さで，かつその配列が上述になる確率を聞かれている場合、
(1.23*1.22*1.11*056*1.47*0.52*1.07) / 20^7 になりますよね。

これは「７アミノ酸のαへリックスがあったときに，その配列が上述の配列になる確率」です。
「αへリックスが７アミノ酸の長さで，かつその配列が上述になる確率」を求める場合には，
上述の式に，「αへリックスが７アミノ酸の長さ」になる確率，をかけ算しなければなりません。