締切済み LogPとリガンドの構造には、どのような関係があるのですか。 2010/05/21 11:14 LogPとリガンドの構造には、どのような関係があるのですか。 それと、結合自由エネルギーとリガンドの結合状態には、何か関連性があるのでしょうか。 みんなの回答 （1） 専門家の回答 みんなの回答 ankh00 ベストアンサー率76% (55/72) 2010/05/22 10:50 回答No.1 (1) 極性官能基、ヘテロ原子の数が増えるとLogPは小さくなります． (2) もちろん大いに関連はありますが、ここでは言葉の意味だけ書きます． 結合自由エネルギーは、リガンドが結合した際に獲得する安定化エネルギーを指します．エントロピー寄与を含みます． リガンドの結合状態とは、そのリガンドが対象に対してどのような相互作用を取りながら結合しているか、を解析した結果わかるものです．（水素結合、静電相互作用、疎水性の相互作用、vdw相互作用、π電子相互作用があります） 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学化学 関連するQ&A 化合物の活性（結合自由エネルギー）とLogPとの間にはどのような相関が 化合物の活性（結合自由エネルギー）とLogPとの間にはどのような相関があるのでしょうか。 表面自由エネルギーとその物質の密度の関係 普通に考えると、例えば、固体の密度が大きくなれば、その表面自由エネルギーは大きくなりそうですが、相関関係はどうなっているのでしょうか？ 詳しい関連性について教えてください。 また、それらに触れてある文献を教えていただけるとうれしいです。 例えば・・・ 物質構造が全く違っていれば、密度と表面自由エネルギーは必ずしも関連しないとか？ 酸性度指数Pkとリガンド結合との関係についてです。 生化学系の論文を読んでいて、分からないところがあるのでご教授願います。 添付画像ありです。 この実験ではタンパク質の６つのチロシン残基について添付画像のように解析しており、リガンドが結合している場合と、していない場合でPkの値を求めています。 ６つのうち２つが、リガンドが結合している場合と、していない場合でPkの値を比べてPkに変化があった（リガンドありの方が値が増えた）ことにより、この２つの残基がリガンド結合に影響していることがわかった、とあるのですが、どうしてPkが変化するとリガンド結合に影響があるとわかるのでしょうか？ wiki等も参照しましたが、よくわかりませんでした。 お手数ですが、どなたか解説をお願いいたします。 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム 二次構造 二次構造にはβシートとαへリックスがありますが、どちらの結合が強いと言えるのでしょうか？？ 僕はαへリックスは１本の主鎖内で水素結合を起こして構造をとる、一方βシートは複数の鎖で水素結合を起こすので強度的にはβシートの方が強いと考えました。正しいでしょうか？？ 構造式について 硫酸の構造式でSとOの結合はなぜ二重結合を使うんでしょうか?配位結合だと思ってました・・・ 構造式 アンモニアの生成熱は44KJ、N-H、H-Hの結合エネルギーは390KJ、430KJ。水蒸気の生成熱は230KJで水素の燃焼熱は280KJ。2)窒素分子の三重結合の結合エネルギーを求めよ。求められない場合は、その理由を示せ。3)酸素分子の二重結合エネルギーを求めよ。同上。 テストで誰も解けなかったのでテスト直しとなりました… (1)はさすがにわかるのですが.答えと軽い解説どなたかお願いします(..) 失礼ですができれば朝までに… 硫酸の構造式 硫酸の構造式は中央に硫黄があってそれの四方に二重結合の酸素2個と単結合のヒドロキシル基がありますよね？硫黄がオクテット則に反している気がするのですがどういうことなのでしょうか？配位結合の関係ですか？わかる方教えてください。 共鳴構造。ふと思ったのですが・・・ アニリンの共鳴構造を書いていてふと思ったのですが、 ベンゼンって二重結合と単結合の位置が逆の共鳴構造がありますよね？ 芳香族化合物中で、ベンゼン環の「二重結合と単結合の位置が逆の構造」も立派な共鳴構造に入ると思うのですが、基本的に省略されていますよね？共鳴構造の個数を記せっていう問題だった場合、もちろんこれも含んでいいんですよね？ 本当にくだらない質問ですみません。 二酸化硫黄 SO２ の構造について SO2 は配位結合が関係している、と聞いたのですが、どのような構造 になりますか？SO２は配位結合が関係していて、折れ線形で、極性分子だと聞きました。どういうことか、さっぱりわかりません。 すみませんが、詳しく教えてください。 共鳴構造について 1,3-ブタジエンは共鳴で (1) CH3=CH-CH=CH3 (2) ・CH2-CH=CH-CH2・ (3) -CH2-CH=CH-CH2+ (4) +CH2-CH=CH-CH2- などの構造をとるとされているみたいなのですが、 ベンゼンが共鳴で二つの状態を高速で行き来（現実 は混成体で存在？）しているように４つの状態を行 き来（または混成体）して安定化しているのでしょ うか？(2)、(3)、(4)（特に(2)）はπ結合の広がりが小 さく、また「・」などエネルギーが高く不安定なので (1)の状態が断然安定で他の状態に行き来するように は思えないのですが。これも非局在化なのでしょう か？ よろしくお願いします。 フェノールフタレインの吸光スペクトル 現在、酸性時と塩基時におけるフェノールフタレインの構造と色の関係について調べています。 フェノールフタレインの構造の変化として、中心にある炭素原子の部分で結合が大きく変わっていることに注目して考えています。 ・酸性のとき、中心炭素はすべて単結合 ・塩基性のとき、中心炭素はベンゼン環との間に二重結合がうまれる この事と、共鳴や光のエネルギー、井戸型ポテンシャル、などと関連付けて考えているのですが、うまく考えがまとまらず困っています。 ほかの質問で、 『原子団（官能基）の結合が伸び縮みしたり回転したりするのに必要なエネルギーと赤外線の特定の波長のエネルギーが一致（共鳴）すると、原子団を動かすのに光が使われて、そこだけ光が少なくなります。』 という記述を見つけて、 ・酸性のときは、フェノールフタレインが無色であることから、 可視光線のエネルギーとは一致しない ・塩基性のときは、赤色を示すことから、 その補色である緑～青の波長の光のエネルギーと一致する と考えました。 ただ、ここで疑問に思ったのが結合の変化に必要なエネルギー をどのように考えればいいか？ 共鳴における構造の変化とエネルギーの大小をどう考えればいいかわかりません。 以上長々と書かせていただきましたが、何かヒントになるようなことがあれば 教えていただきたいと思います。 よろしくお願いします。 エネルギーバンド構造・・・ 有効質量は、エネルギーバンド構造できまる、とあったのですが、エネルギーバンド構造ってなんですか？ また、エネルギーバンド構造って何で決まるのですか？ 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム ATPの構造とATPに蓄えられているエネルギーの 関係について述べよ。ＡＴＰの構造はリン酸とリボース（糖）とアデニンがくっついて構成されているのはわかるのですが、構造とATPに蓄えられているエネルギーの関係についてはよくわからないので教えてください。 物質の構造と色の関係について いろいろな色素の構造と色の一覧を見て疑問に思ったのですが、そもそも色の違いは何が原因で起こるのでしょうか。二重結合やベンゼン環の数が関係しているらしいということは知っていますが、例えばメチルオレンジは橙色なのに対しこれよりベンゼン環の多いナトリウムフルオレセインは黄色です。矛盾じゃないでしょうか…。よろしくお願いします。 スクロースの構造 スクロースの構造について質問です。 スクロースは、αグルコースとβフルクトースから成っていますが、それが、結合して、スクロースとなったときの、上下関係が？です。 立体構造を平面で書いているので、？です。問題は、スクロースの構造式を書けなのですが、私が書いたのと解答では、βフルクトースが上下逆転していました。が、どうして解答のようになるのかわかりません。 βフルクトースには、エーテル結合がありますよね？で、グリコシド結合をつくる、２番炭素に結合しているOHとoはβフルクトースの段階では同じ側にあります。が、スクロースとなったときには、そのoh基とフルクトースのoが逆の側にあります。つまり、なんだかフルクトースはひっくりかえっているような気がします。ですが、これはおかしくないでしょうか。どうして、逆転するんでしょうか？ 私のスクロースの書き方は、 まず、βフルクトースの段階で、エーテル結合が上、２番炭素が右にあるとすると、ヒドロキシ基は、右上にあるので、アルファグルコースと結合させるために、ヒドロキシ基は左下にこないといけないので、βフルクトースを左右に逆転させ、その後、上下に逆転させます。これで、ヒドロキシ基が左下にきました。このとき、エーテル結合は下にきます。が、解答では、上にくるのです。。。 かなりわかりにくい説明ではありますが、どなたかご存知の方アドバイスをよろしくお願いいたします。 たんぱく質の立体構造 先日、新聞で「たんぱく質の立体構造を切る物質が見つかった」というようなものを見かけたのですが、 立体構造をつくっている結合はなんというのでしょうか？（ペプチド結合…は違いますよね…？） また、立体構造をばらす物質って何個もあるんでしょうか？ ヨードホルムの構造式 CHI3 を構造式で書くと、C を中心に H と I ３つが囲むように結合してるのでいいのでしょうか。 I の結合手はひとつなのでしょうか？ 疎水性相互作用と二次構造との関係について 疎水性相互作用によって内部に疎水性アミノ酸は取り込まれるが、アミノ基は親水性なので、取り込まれたアミノ基どうしで水素結合することで安定化し、この構造によって二次構造が生成するということを聞いたのですが、この相互作用が二次構造を形成する上で一番重要なものなのでしょうか？それとも他にもっと重要なものがあるのでしょうか？ 原子の構造に関係するレポート 下記のようなレポートの課題がだされたのですが、具体的な検索に引っ掛かりそうな単語等が問題2の共有結合ぐらいしかかかれていないため、 検索のしようがありません。 課題すべてを答えてほしいというわけではなく、なにか解答につながるようなヒントのようなものをいただけるとありがたいです。 よろしくお願いします。 1．気体に圧力をかけると容易に体積が小さくなるが、固体に圧力をかけても体積を減らすのは容易でない。その理由を原子の構造と電子雲の性質から説明せよ。 2．共有結合はどのようなものか原子の構造を用い説明せよ。 これが電気的絶縁体となることを説明せよ。 3．原子の出す光がとびとびの波長をもつことを説明せよ。その波長が判れば、原子が何であったか判る理由を説明せよ。 構造式は共有結合のみ？ 構造式は、 共有電子対を表す価標を使って書くので、 共有結合にしか使われない と考えてよいでしょうか？ 他の結合の場合に 構造を表現したい場面というのは無いのでしょうか？ 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
