CoMFA（比較分子場解析）についての質問なのですが、

質問

CoMFA（比較分子場解析）についての質問なのですが、

どのような置換基がどのような領域にあると阻害活性値が上がるのですか？

回答No.1

ankh00 · ベストアンサー

Screw upするようですが、
「どのような置換基がどのような領域にあると阻害活性値が上がるか？」
を解析するのがCoMFAというプログラムなんですよね．

活性のある化合物をいくつか用意して、三次元的に重ね合わせたときに、「特定の領域に類似した性質を持つ置換基が頻繁に現れる」ことがあります．このときに「この領域にこういう性質の置換基があると活性発現に有効だ」というような傾向が読み取れるわけです．で、化合物の重ね合わせ、「傾向」の取り出し等をやって、得られてきた「傾向」の情報を作業仮説として用いて分子設計をやっていくということになります．

タンパク質等の阻害活性であれば、阻害する相手（タンパク質）の活性部位がどういう構造になっていて、阻害剤とどのような相互作用をするか、を解析できれば、
「どのような置換基がどのような領域にあると阻害活性値が上がるのですか？」
という問題をもっとよく解析できるのですが、CoMFAの場合には相手のタンパク質がどうなっているか、ということは全く考慮しません．ですから、CoMFAをやっても傾向が読み取れない、または、CoMFAで読み取った傾向が実験の結果と一致しない、といったこともまま頻繁にありますよ．

お礼

とても難しいですね。
ありがとうございました。