「つながっている」というのが、どういう意味で言っているのかはっきりしませんが、動力伝達的には、No1さんの言うように当然クラッチを介してつながっています。
(つながっていなくては、走れませんからね)
ミッションのある場所がクランクケースと空間的につながっているか、という意味なら、エンジンによります。
一般的な4サイクルエンジンのバイクだと、ミッションやクラッチはクランクシャフトと同じクランクケース内にあり、特に内部で仕切られてはおらず、同じエンジンオイルで潤滑しています。
ただ、一部のハーレーや、古いカワサキW1など、ミッション別体式の車種も小数存在します。
2サイクルエンジンの場合は、クランクケース内を吸入行程の一部で使用するために、基本的に別になっています。
外見的には一つのクランクケースですが、内部でクランクシャフト側とミッション側は完全に分離されています。
ミッション側にはミッションオイルが入っており、クランク側には何も入っていません。
(2サイクルのクランクの潤滑は、混合気に混入された2サイクルオイルで行います)
なお、車ではちょっと事情が違い、バイクほどエンジンやミッションが小さくないために、ほとんどの車種はエンジンとミッションが別体です。
先代ミニやランボルギーニ・ミウラのように、エンジンの下にミッションがあるイシゴニス式配置の一部横置きエンジン車とか、ホンダN360のように、ほぼバイクと同じエンジンを搭載した車種では、ミッションとエンジンが一体式で、エンジンオイルとミッションオイルが共用になっていたりします。
お礼
4ストロークと2ストロークによっても違うのですか! 勉強になりました!!