系統樹の作り方を教えてください

質問

ある遺伝子の演繹アミノ酸配列を用いて、20種類くらいの生物から系統樹を作製したいのですがphylipを使うとよいということを聞きました。
phylipのダウンロードまでできたのですが、使い方がイマイチわかりません。
ブートストラップとか、マトリックスの作り方とか教えていただけませんか？
よろしくお願いします。

回答No.3

shugogetten

初めて回答します。私も昨日まで卒論の系統樹の作成をしていました。私的にはphylipやTreeView68Kというソフトは必要ありませんでした。（ただ作るだけではですが。）私はまずクラリスワークスでFASTA形式のデータを作りました。それからデータをゲノムネットにあるCLUSTALWに張り付けました。そうして実行した後、N-J treeまたはDendrogramをクリックすれば系統樹はかけました。これだけではわかりにくいので、私が参考にしたホームページのURLを紹介しときます。

参考URL：

http://tubulin.cb.m.u-tokyo.ac.jp/~snonaka/research/phylogeny.html

回答No.2

noname#211914

専門外で的外れかもしれません、以下の参考ＵＲＬサイトは参考になりますでしょうか（当然ご欄になった上での質問でしょうが・・・）？
「Questions about problems getting it to work」

さらに蛇足ですが、
●http://www.biophys.kyoto-u.ac.jp/moltree.html
（分子系統樹の作成）

補足お願いします。

参考URL：

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/faq.html

補足

回答ありがとうございます。
やはり英語のマニュアルを丹念に読んでいくしかないのですね（笑）
それにしても、たくさんのプログラムがphylipの中には存在し、どれでどう作れば一番信頼の置ける系統樹が作れるのか疑問です。
NJ,ML,MPとありますが、どういう特徴があるのでしょうか？
使い分けの具体的な例などありましたらよろしくお願いします。

回答No.1

tohruma

演繹アミノ酸というものを知らないので検索したら下のURLでおそらく同じような研究をなさっている方を見つけました。そちらに相談したらいかかですか？（シトクローム b 遺伝子の塩基配列および演繹アミノ酸配列に基づくアジア産淡水エイ類の系統類縁関係）

ちなみに我々のところではDDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp)で系統樹を書いてもらっています。私自身は詳しい事はわかりません。ごめんなさい。

参考URL：

http://www.miyagi.kopas.co.jp/SUISAN/PUBS/FS/E_point/65-4e.html