質問が漠然としていますが、窒素施肥管理の問題点はそれぞれの立場によって見方が変わると思います。
基本的には、良質米を作るための適切な施肥量をどのように決めるか？過剰な施肥による硝酸性窒素が引き起こす環境問題をどのように削減するか？などが問題点かな？
適切な施肥量が事前にわかれば、良質米を栽培でき、かつ環境にも優しくなると思われます。その場合、適切な施肥量をどうやって決めるか？が難しいと思われます。
施肥量を決めるには地力窒素（土壌自体が持つ窒素）の量を把握しなければ、なりません。地力窒素が多ければ施肥を少なく、多ければ施肥を少なくしてやればいいのでしょう。地力窒素は室内試験で求めることができますが、試験に10週間程度もかかってしまうので、元肥の時期には間に合いません。そこで、なんらかの方法で、地力窒素量を迅速に推定する方法をみなさんが考えているんではないでしょうか？
ということで、素人考えを出してみました。私もこの質問には興味がありますので、専門家のかたの返信を期待しています。
