既存宅地証明書で困っています
市街化調整区域の中古住宅購入（自己居住用）で困っていることがあるので、お知恵をお貸しください。よろしくお願いいたします。
購入予定の住宅は昭和６０年に建築されており、それ以前には線引き前からの建物があったために既存宅地として認可されているということでした。こちらの不動産屋さんの話だと、既存宅地なら将来転売する場合もスムーズにいくということで、逆にその条件がなければ買わない方がいいと言われていました。
買い付け証明書の書き込み直前になって、実は既存宅地証明書を売り主が紛失していると聞かされました。そして、土地建物調査士に依頼してもう一度証明書を申請すると言われました。申請の作業をする前に費用の内訳と作業の内容の報告を待っている段階です。その証明書の発行確認を契約の条件にしているので、まだ契約には至っていません。
素人なのでわからないこと、困ったことはいろいろあるのですが、まず市役所でいろいろ教えてもらいました。そしてとりあえず現在の建物が建つ前に建っていた建物の建築年月日を確認しようと思って法務局へ行ったら、その地番に現在の建物以前に登記がないと言われました。未登記だったのではないかと。
その土地の宅地への地目変更が昭和３６年（ただし登記の日付は昭和６０年）、昭和３９年に分筆がされて現在の地番になりました。昭和６０年に現在の所有者（売り主）が土地を譲り受け、住宅を建てて登記しています。
登記所では前の地番と現在の地番の両方で、過去の登記簿を見て現在住宅が建っている場所にあった建物を探してもらったのですが、見つからなかったそうです。
現在の住宅は公庫と他金融機関の融資（１６００万）を受けて建てられています。
1.このような場合、未登記という理由以外に以前建てられていた住宅の登記簿がみつからなかった理由はあるのでしょうか。
2.また、未登記だったとして、既存宅地証明書の発行はどのような方法で可能なのでしょうか。
住宅購入は初めてで、わからないながらもいろいろ調べているのですが、何かおかしなところがあればご指摘頂けると幸いです。
補足
ご回答ありがとうございます。定かではありませんが、向かいの周辺一帯なのですが昔に周囲から隔離された施設などがあったと聞いたことがありまして、どなたかご存知であればと思いまして投稿させていただきました。