どういった実験系ですか？それをしっかり考えて検定しないと全く意味がありませんよ？
Ａ群、Ｂ群といった群が６つあるのはわかりました。それぞれの群で含有する個体数が異なるのも理解できます。しかし、その個体というのは全て対等な関係なければなりませんよ？
統計で群間比較を行うにあたって、例えばタバコと肺がんの関係を統計学的に証明したければ、「タバコを吸っている40人」と「吸ってない60人」の二つの群を一定の期間をおいて観察する必要があります。
10年後にＡ群での発症率が有意に高ければ「タバコと肺がんの関係を証明した」といえます。
この場合は40人と60人、個体数が異なりますが、対等な関係にあるヒトに対しての研究なので問題がありません。
こうやって、先に暴露条件(たばこ、薬等）を与えて、その結果を調べる研究をコホート研究といいますが、「実験開始後７日、２ヵ月、９ヵ月、１年、２年」としているところからtelurboyさんの研究もこういったものであると想像しています。
それに対して、もしこの40人の内訳がイヌ10、サカナ20、トカゲ10で、60人の内訳がサル30、ゾウ20、マウス10では研究が成り立たないのです。
Ａ群の中に「個体１、２、３、４」とありＢ群の中に「個体５、６、７、８、９」とあり、それぞれ対応していない個体の中で死亡率を測定なさっている・・・。これでは検定はできません。
補足
回答ありがとうございます。 説明不足でしたね。 A群の細胞死亡率 個体１：80% 個体２：50% 個体３：60% 個体４：70% B群の細胞死亡率 個体５：20% 個体６：50% 個体７：60% 個体８：70% 個体９：80% C群 D群 と、６群あり個体数はまちまちです。この６群間で互いに差があるのかを検定したいのです。TurkeyHSD検定をしたのですが、それはどうやらおかしいらしいです。 なにも分からないので、どうかご指南をよろしくお願いします。