タンパク質相互作用を調べる

質問

現在あるタンパク質についてどんなタンパク質と相互作用しているか（homodimerを含めて)を簡単に調べる方法を探しています。数個のものを調べるのなら論文を読めば済むのですが、100以上の蛋白質について調べようとしているためこの作業がかなり大変です。何かいいデータベースでもないでしょうか？

回答No.3

rei00 · ベストアンサー

rei00 です。

　補足拝見しましたが，少し説明不足だったようです。お詫びと共に補足致します。

> データベースはこんな作業を軽減し、研究をより促進させる
> ために存在しているので積極的に活用すべきだと考えています。

　その通りだと思います。私が示した「PubMed」もデータベースですから。

　ただ，既に確立された「PubMed」等と異なり，お書きの様なデータベースは，まだ，公には存在しないと思います。wolv さん（確か，近い分野で研究されていた様に思いますが）の回答でもその様ですね。

　それに，相互作用が明らかになっているタンパク質も未だ少ないのではないでしょうか。現在は，あるタンパクが何と相互作用しているのかの解明が研究テーマになる時代です。

　この様な状況ですので，「必要なら文献調査をするしかない」でしょうし，「何らかの手段で調査対象を絞り込んで数を減らさざるを得ない」のが現状だと思います。

　参考になるかどうか分かりませんが，「Google」で「タンパク質相互作用　データベース」で検索すると，こんなページが見付かりました（既に御存知の様な気も・・・）。

◎ http://www.genome.ad.jp/Japanese/
　　ゲノムネット

参考URL：

http://www.genome.ad.jp/Japanese/

お礼

親切にいろいろなアドバイス、回答ありがとうございました。
恥ずかしながらこのURLは知らなかったです。
なかなか役立ちそうデータベースがありました♪
これらのデータベース検索と文献調査を平行して進めるつもりです。

＞あるタンパクが何と相互作用しているのかの解明が研究テーマになる時代

まさに私の研究テーマ（といってもまだ始まって間もない）が
このことに大いに関係するテーマです。がんばります！

回答No.2

wolv

インタラクトーム（生物中の全タンパク質間の全てのインタラクション） という考え方があります。ゲノム （生物中の全遺伝子）からの派生語の一つです。他に、プロテオーム（生物中の全タンパク質）、ストラクチュローム（全タンパク質立体構造）などの考え方があります。これらのプロジェクトの一環として、データベースが開発、提供されるはずです。現在は、特定のタンパク質、特定の種について、研究が進行中、という状況だと思います。例えば、

出芽酵母タンパク相互作用データベース（英語）
http://genome.c.kanazawa-u.ac.jp/Y2H/

というものが公開されています。

インタラクトームについては、
http://genome.c.kanazawa-u.ac.jp/index_j.html
のプロジェクトのページに書いてある
「１）蛋白質間相互作用の系統的研究 」
が参考になるかと思います。

お礼

なるほど今進行中ということですか・・・
でも出芽酵母のデータベースは非常に参考になりました。
生物種を特定して調べているわけではないのでこれも役立ちます。
ありがとうございました。

回答No.1

rei00

> あるタンパク質についてどんなタンパク質と相互作用しているか
> 100以上の蛋白質について調べようとしているため

　お知りになりたいのは「特定の，あるタンパク質」についてですか？　それとも，何らかの方法で見付かった「100 以上のタンパク質」についてですか？

　どんなに大変でも，必要なら文献調査をするのが研究の基本だと思いますが・・・。あるいは，何らかの手段で調査対象を絞り込んで数を減らすか・・・。

　御存知だとは思いますが，「PubMed」の URL を下にあげておきます。

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

補足

ゲノム解析が終了している生物について、ある特定のカテゴリーに属する遺伝子産物がどんなタンパク質と相互作用しているのかを調べたいのです。そしてそのカテゴリーに属する遺伝子が１００以上あるのです。rei00さんのおっしゃるとおり文献調査をしていますが、莫大な時間がかかり、調査漏れも考えられ、またこのことだけに時間をかけてられないのです。

＞どんなに大変でも，必要なら文献調査をするのが研究の基本だと・・・

もちろんそうなのですが、データベースはこんな作業を軽減し、研究をより促進させるために存在しているので積極的に活用すべきだと考えています。
若輩者が生意気言ってすみませんでした。