臓器からのDNA抽出方法

質問

臓器からDNA処理するためSDS入り組織溶解緩衝液及びプロテナーゼＫ液を用いこれを50℃恒温槽で一晩処理するということですが、この恒温槽の処理は安全上問題があるので、温度をあげて短時間で処理する方法はないでしょうか？例えば、55℃、8時間恒温槽処理はどうでしょうか？

回答No.1

rio2

時間短縮が重要でしたら、ビーズビーターを用いた方法が好ましいと思います。多くの試薬会社でジルコニアビーズを用いてボルテックスミックスのような激しい撹拌を行う手法で組織片からのDNA抽出の前処理キットが出ていますよ。
最近は自動核酸抽出機も安定してきてメジャーになってきていますからヘビーユーザーでしたらそちらをお勧めします。

また、プロテイナーゼK処理は65℃くらいまででも可能です。
プロテイナーゼＫ一晩処理は、時間がクリティカルなのではなく、操作上、翌日抽出した方が実験者に負担がかからない程度の理由で作られたプロトコルですので短縮可能です。もちろん酵素ですので量も重要です。
溶解液は1～2wt%SDS＋6Mグアニジン塩酸塩やグアニジンイソチオシアネートを用いたものを等量で15～30分間程度よく撹拌すれば十分でしょう。プロテイナーゼＫは、これらの溶解液と共に用いても問題ないどころか、より効率的になりますので、最初から酵素と溶解液を混ぜて用いた方が迅速処理できます。

もちろん効率は各臓器に由来するでしょうけれども。
肝臓や腎臓、脳は比較的容易でしょうが、心臓や肺は念入りにした方がよいかもしれません。

お礼

丁寧に回答いただき感謝しています。
DNA抽出はゆるやかな条件で反応しないとDNAの切断がおきるということで、50℃一晩処理かと思いました。それでは、反応温度を上げ、時間を短縮させて検討したいと思います。ビーズビーターの方法も調べたいと思います。色々とありがとうございました。ちなみに、臓器はマウス盲腸内容物です。