システムエンジニア=プログラムする人ではないのですが・・・。
現在一般的に使用頻度が多いのは、
C,Visual Basic(ASPを含む),Javaというところ
でしょうが、このような言語がいつまでも使用されるとは
限りません。
それに、お客さんの要求によって言語や開発環境まで
柔軟に対応する必要があります。
(逆にプログラムをやらないSEもいますし)
プログラムやりたいなら「アルゴリズムとデータ構造」
をしっかり勉強しておけば、一般的などんな高級言語にも対応できるでしょう。
ちなみに、私は大学時代には、Pascal、C、Prolog(λ-Prologも)、
Lisp(schemeも)、ML(MetaLanguage)など勉強しましたが、
いまやっていることとはかなり違いました。
SEの仕事はプログラミングが30%くらいです。
設計とか仕様書作成とかの方が多いかも。
最近は「即戦力」が求められているのでなんでも出来る
人が望まれているようです。
個人的な意見では・・・もしこの質問を、なにも調べずに
出したのなら、SEの資質としてはかなりヤバイと
感じた方が良いかも。