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系統樹の見方について
現在論文を読んでいます。その論文で系統樹が示されているのですが、見方などがさっぱりわかりません。 http://www.chiringi.or.jp/k_library/kaishi/kaishi2004_1/90g2-2.gif ↑ このような系統樹です(論文に出てきたのと似たものです)。 特に、枝分かれのところに示された数字が何を表すのかを知りたいのですが、お分かりの方いらっしゃいましたら御教授ください。 また、参考になるWEBサイトなども教えていただけたらと思います。 宜しくお願いします。
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系統樹とかって，ややこしいんですよね． No.1の方がおっしゃっているように，枝分かれのところの数字はブートストラップのことですね．例えば80と書いてあったら，100回計算して80回同じ枝分かれが表示された，ということを示しています（1000回のうち800回かもしれません．それは図の説明の最後の方に，replicated XX timesとか書いてあると思います）． こういったデータの処理について書かれた文章は難しいので，まずは知ってる人に尋ねるのが一番ですね． 実は自分も最近始めたばかりでエラそうなことは言えません．よくわかるサイトなどあれば知りたいですね．
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- SaySei
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おそらく、ブートストラップ値で合っていると思います。 参考URLにブートストラップとは何かという話など、系統樹の推定についての詳しい話が載っていますので参考までに。統計をしている人にはおなじみの用語が出てきますが、大体の意味はなんとなくわかると思います。
- daidou
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あんまり詳しくは無いですが… どうもミトコンドリアの塩基配列データによる系統樹みたいですね だとすると枝別れの部分の数字はブートストラップ確率でしょう。 端的に言うと、「ここから枝分かれしている事の信頼性」の数字です （一般に７０以下は信頼できないと考えていいみたいです）
