UDって・・・すごすぎる？

質問

インターネット上のどこを見ても、解説が無かったので質問します。

UDという、白血病やガンなどを引き起こす蛋白質に変化をもたらす
分子(治療薬)をコンピュータで解析しようというプロジェクトがありますよね。
その解析作業についての疑問なんですが

そんな化学反応の現象をコンピュータ（計算で）でシュミレーション
することが出来るんですか？

そして、もしこのようなテクノロジーを応用すればDu Pontが考えた
アラミド繊維のような物をコンピュータで開発することができるのでしょうか？

どうか教えてください。

回答No.3

kazu-kun · ベストアンサー

私もこのプロジェクトに参加していますが、計算内容の詳しい解説はないようですね。
少なくとも日本語資料では存在しないようです。

公開されている説明からの推測ですが、化学反応をシミュレートしている
わけではないのではないでしょうか。
たぶん、分子どうしで相互作用をしやすい部分が近づきやすいかどうか、とか
形状的に中に入っていけるかとか、分子構造的に反応する可能性が高い分子を
探しているのだと思います。
たしか、化学で「立体障害」とかいう言葉がありましたよね？
反応に関わる基どうしが分子構造による立体障害で近づくことができないと
その部分では反応は起こりませんよね。

お礼

ご回答ありがとうございます。

kazu-kunさんの推測では化学反応をシュミレーションしていないと
いうことですね。
確かに仮に反応を計算できるとしても、あのconformersやde novo structure
の数字の進み方は不自然ですよね（速すぎるので）
反応のしやすさで分析を行っているんですか。すごく納得します。
(化学反応をシュミレーションすることは出来ないのでしょうか？)

この仕組みを考えたアメリカの大学教授はすごい！
日本も大学と色々な製薬会社の共同で、UDよりすごいソフトを作って
薬品開発とかすればいいのになと思います。
ありがとうございました。

補足

皆様ありがとうございました。
kazu-kun様の書き込みの場を借りまして、お礼いたします。

回答No.2

K-1

具体的にどういう処理をしているかということでしょうか。
たぶんUDに問い合わせても答えてくれません。
というのは、ランキングトップを取りたくて結果を捏造する輩がいるからです。
実際、宇宙からの電波を解析するSETIで、そういう事がありました。

お礼

ご回答ありがとうございます。

UDもアルゴリズムをオープンにしていないのは、その対策である
と書いてありました。SETIの教訓なんですね(主催者は違いますが)
でもポイントを取りたいがために不正を使うのはおかしいことですよね。

その対策にもかかわらずUDでも捏造(不正解析データの送信)があった
ようですが、UDに限らずSETIでも莫大な金をかけて達成に向け
がんばっているのに、プロジェクト全体を危うくする考えは本当に恐ろしいです。

私はポイントが欲しいためではありません。どうぞご安心ください(笑)
UDに限らずこのような技術を使い製品開発をすることがあるかどうかを
知りたいです。
具体的には水素分子と酸素分子を混合させた気体に熱を加えると反応して
それが水素原子2つと酸素原子1つで結合するという作業をコンピュータが
シュミレーションできるかというかんじです。

質問の文が少しあいまいでした。すいません。

回答No.1

sirapon

Ni-MHさん こんにちは

その件に関しましては
このページ（参考ＵＲＬ↓）がリンク等含め
わかりやすいと思い、ご紹介致します。

ページ上から順に 読み進めて頂きますと
数件のリンクも貼ってあります。

参考URL：

http://www.geocities.co.jp/CollegeLife/6774/ud/

お礼

こんにちは
アドバイスをいただき、ありがとうございます！

ん～紹介していただいたHP見ましたが、やっぱり載ってませんねぇ
具体的な処理を公開してないので、答えようが無いのかもしれませんが。

いや～まいった（笑）