社員であることの定義に給与の支払い方法や給与計算の仕方は関係ないです。
そもそも社員とは従業員のことですし、有限会社では出資者、株式会社では株主が相当します。そうでない場合は労働者もしくは従業員と呼ばれます。給料も労働対価賃金と呼ばれています。
一般には社員とそうでないひとの分け方に、社会保険・雇用保険に加入させるかどうかを問題にしている場合が多いですね。パートやアルバイトには保証がない。酷いときには年末調整も行わずに自分で確定申告をさせている会社もあります。もっとも田舎に行くと兼業で農業に従事している場合がありそちらの収入と併せて確定申告をしなければならない人も多いです。この場合本人の希望で源泉徴収を行わず、個人の事業主として登録している場合があります。社会保険料が払えない弱小企業もそういった対策を取るところも在るようです。
とにかく目先の言葉だけで右往左往しないで、じっくり考えて下さい。
