遺伝子の同定

質問

ゲノム情報がない生物で、ある疾患の原因遺伝子を同定したいと考えています。
ESTの情報もほとんどない状況です。
ポジショナルクローニングも考えているのですが、
非常に時間がかかるので、何とか別の方法で同定できたらといろいろ調べまわっています。
当研究室にはコンジェニック系統がありまして、
cDNAをコンジェニック系統と掛け合わせ個体で比較し、
SNPs等がある連鎖している遺伝子のみを単離できないかと考えているのですが、
何かアドバイス等いただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。

回答No.1

MIYD · ベストアンサー

使っているのが
動物と植物のどちらかどころか原核生物か真核生物かもわからないので
どんな手法が使えて数がどれくらい扱えるものかわかりませんが
ゲノム情報が無いのにSNPsの情報があるのでしょうか。

loss of functionで疾患が起きているのならば
BACやコスミドのライブラリーを作ってレスキューできるものを取ったほうが
当りが取れるときは早いかもしれません。

ジーンチップが作られている種ならば
運がよければジーンチップで発現の変わっている遺伝子を取れるかもしれませんが
疾患によって変化がおきている遺伝子と区別がつかないかもしれません。
でもESTの情報がほとんど無いということはチップは作れませんね。

原因遺伝子が完全に欠損しているか過剰発現しているのならばサブトラクティブPCRで発現の変化している遺伝子を取ってこれるかもしれませんが
これも下流の遺伝子と区別がつかないかもしれません。

どの染色体とリンクしているかわかるだけでもその後の解析が非常に楽になると思うので
ポジショナルクローニングは進めておいたほうがいいかと思います。

ポジショナルクローニングでやる場合
疾患モデル生物の作り方や一世代の長さにもよりますが
ゲノム情報やコスミドライブラリーが充実している線虫で変異原で叩いて得られた株の場合
原因遺伝子を同定するのに2~3年はかかるといわれています。
マウスの場合は5年くらいかかると昔聞いたことがあります。

貴方がそのくらいの期間をその材料にかけることが出来ない立場か
もしくは途中までの解析を引き継ぐことが業績や次の職に結びつかない立場ならば
原因遺伝子の同定には手を出さないことをお勧めします。

補足

EST、genome情報のない魚類です。
SNPsは2系統間で比較的多くあることは確認していますので、
もしALBUM(Aldehyde-Linker-Based-Ultrasensitive-Mismatch Scanning)法のような方法でSNPsのある遺伝子のみを単離、
あるいはESTを両系統で行い、SNPsの見られる遺伝子を単離などの方法でできれば、
比較的短期間で遺伝子の同定に結びつくと考えているのですが、
それはなかなか難しいでしょうか。
まだ何も実験していないので、
発現差かSNPsなのかは今は分からない状況です。
コンジェニック系統であるならば1000分の１程度まで遺伝子は絞られているので、これを利用できればと考えています。