今回の場合は選挙区で当選できると思っているからだと思います。比例区でも前回二人当選しているので、山本の名前がそこまで必要じゃないと判断したのでしょう。
選挙区と比例の違いは市民には何の関係もないのですが、党の中では選挙区で自分の名前で当選した人の方が偉いと思われる傾向があるそうです。今回の山本太郎の作戦は東京でどこかの別の党の誰かを落選させ、比例で何とかたくさん当選できるようにして、勢力を少しでも伸ばそうとしたのだろうと思います。そうなるためには「山本太郎」という名前でないと選挙区で戦えないので、わざわざ辞任して鞍替えしたのだろうと思います。だから、山本太郎には選挙区かどうかはあまり関係ないと思います(山本太郎は党内では圧倒的に偉い)。