床下通気口が塞がってしまいました

質問

在来工法の木造住宅を耐震リフォームしています。既存の布基礎に一部添え基礎を施し、
湿度対策も兼ねて全面にＰＥシートと土間打ちをしていただきました。ここまでは打ち合わせどおりでしたが、外周の基礎の立ち上がりに添え基礎を行った結果、既存の通風口の半数がなくなってしまいました。てっきり通風口は残して施工して下さるものだと思い込んでいたので、困惑しています。
　すべての通気口を塞いで基礎パッキンのような道具を設置する計画ではないし（既存の土台や柱は残してそのまま使います）、高気密高断熱仕様のリフォームでもないので、素人目には中途半端に家の片側だけ通気口が塞がれ空気の通りが悪くなった状態に見受けられます。
　長年住んできた経験から、通気口がなくなった側は湿気が溜まりやすく一日の温度差も大きいです。
人通口は残っていますが、空気が淀んで高湿度、結露などの悪環境を招かないか不安です。
　布基礎だった以前は、天気や季節にあわせて通風口の開閉をこまめに行い、床下にも定期的に潜って点検してきましたが、基礎屋さんにはコンクリートで覆われた床下はそのようなことは必要ないと言われました。
また、リフォーム依頼先の建築士さんによると、築４０年経過した古い基礎ははつるべきではないとのことで、このままでで問題ないそうですが、本当にそうなのでしょうか。
床下で断熱材や柱が結露したりしないでしょうか。また、だとしても新たな通気口を開けるよりこのままにしておくべきなのでしょうか、御指南をお願い申し上げます。