生化学は「ホートン生化学（東京化学同人）」が非常に分かりやすいです。学生向けですね。読んで、問題を解く。この繰り返しで十分力がつきます。
生理学は、「人体の構造と機能（医学書院）」が分かりやすいです。看護向けに作られた本ですが、薬学・医学でも通用します。生化学や他の分野とも関連した記述ですので、実用的です。個人的に「シンプル生理学」は最悪でした。必要な情報を書かないので文章の量は少ないが非常に分かりにくい。文中に無い言葉が図で多く出てきます。あれは全くシンプルとはいえませんよ。
薬学研究科、しかも国立となると有機は「ボルハルト・ショアー」が無難だと思います。有機は手を動かして、電子の動きをつかんで下さい。
生化学についてですが、細胞内で起きている現象を理解するためには細胞のこと、細胞外のことの知識も必要です。「Essenntial分子細胞生物学（南江堂）」はまさにうってつけの本で、大学院入試でもかなり使えます。
薬学研究科に進学されたいとのことですが、何を研究したいかしっかり希望を持っていますか？勉強はやって早すぎるなんてことはありませんが、東大大学院では非常に「英語を重視」します。（実際に教授に聞いた話です）
さらに、大学院によって問題の傾向が顕著に違いますのでそれに対応した勉強が大切です。勉強は３年の夏からでも十分間に合いますので、今は世の中を知って欲しいですね。文学、美術などの教養、大学院修了者の進路、大学院以外の道etc.
興味のある分野の論文を読むのも面白いです。（日本語ならニュートンや日経サイエンス）英語論文は院試に出ますが、今は日本語の教科書で基礎を理解して下さい。
では健闘をお祈りします。
お礼
お礼を言うのが大変遅れてしまいました、すいません おおいに参考にさせていただきます。どうもありがとうございました