相同性を調べる方法

質問

生物系の研究室に配属された4年生です。
何分初心者のため、頓珍漢なことを言っているかもしれませんが、それも含めてご教授いただけると助かります。

今、マウスのP450遺伝子の相同性について調べたいと思っています。

リアルタイムPCRで、あるP450の発現量を調べたくているのですが、設計したプライマーが、絶対にその特定のP450の配列を認識しているかどうかって分からないと思うんです。だってP450には分子種が多くあるし、サブファミリーはあるし…。
なのでそれらP450の相同性を一度調べてみようとなったのですが、どのようにして調べたらいいのかよく分かりません。

相同性を調べるツールとしてBLASTというものがあるのは知っているのですが、それで調べるとしたら何が必要ですか?またそれはどのようにして手に入れたらいいのでしょうか?

回答No.2

tir70

やりたいことは，設計したプライマーDNAの配列が目的の遺伝子以外でも見つかるかどうかを調べたい，という理解で良いでしょうか？だとすると，必要なものは，

１．設計したプライマーの塩基配列
２．これまでに配列決定されたDNAのデータベース
３．データベースのコンテンツを検索するソフト

が必要です．1番は，co-cotoさんが用意するとして，2，3番については，国立遺伝学研究所

http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html

を利用するのが便利かと思います．
　下の方も似たことを言っておられましたが，co-cotoさんのようなことやっている研究室において，こんなことすら相談できる（あるいは相談できる雰囲気の）教官や先輩がいない研究室というのは，どうかと思います．

回答No.1

otx

このようなサイトが利用できます。
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

その前に、このようなツールの使い方は遺伝子を使っている人ならほとんどが知っていると思います。
まして、その類いの大学の教官であれば絶対知っています。

こんな文面でしか教えられないようなところでなく、
直接教官に聞いた方が早いです。所属の研究室には居なくとも
大学内には必ず居ると思います。
そのための教官なのです。