反しないでしょう。
機会均等というのは、正確に全文いえば、雇用機会均等です。
女だから力仕事はさせない、とか、男だから女便所の掃除はさせない、というような話が雇用機会均等に反する考え方です。
しかし、男のほうが、女性の便所の掃除はいやだ、というのは個人の意思であって、雇用機会均等とか関係ありません。その仕事につきたいのに断られたら雇用機会均等をたてに争うことが可能なんです。
休みの件はその方向の話です。
休みたくもないのに無理に休みを与えるわけじゃありません。女性によっては生理休暇もとらない人はたくさんいますけど、このひとたちは雇用機会均等に反してるわけじゃありません。
もし、当人がそんな休暇取りたくないと言っているのに無理やり取らせ、有給休暇扱いにもしないのであれば、はじめてそこで雇用機会均等に反すると言うことになります。
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