質問者が問題文を打ち間違ってると、どう頑張っても解けないんですが…。
> エドガーアランポーの黄金虫の暗号、シャーロックホームズの踊る人形がヒントらしいのですが、
換字式暗号です。英語だと"substitution cipher"です。
そういう暗号解く用のアプレットなんかが公開されています。
「"substitution cipher" solver」「"substitution cipher" decoder」なんかで情報収集すると良いです。
"Substitution cipher" solver - Google 検索
https://www.google.co.jp/#q=%22Substitution+cipher%22+solver
現在トップに表示されている下記のサイトに暗号ぶち込むと、
Decrypto 8.5, Online Cryptoquip and Cryptogram Solver
http://www.blisstonia.com/software/WebDecrypto/
Puzzle:に問題文をコピペ
「Find spaces(Patristcrat mode)」を選択
「Solve」をクリック
| CONGRATULATION Q1SQENDS ANSE hAILS TO ShES WITHS THE SQUeJECTS OF S2 EUR EXA2MS DON7 T S FORGETS TO S WRITES YOUR SNA hE S ANDS YOURSQTUDENT SNUheERS INS THESe ODY SOFS THESE hAIL M
となりますが、イマイチ文章になっていないです。
ざっくり読むと
「おめでとう、1問目は終了です、2問目に進んでください?名前と学籍番号を書くのを忘れずに」
みたいな?
問題文は間違っていませんか?文章に数字を含むとか、空白を含むとかの条件は無いですか?ってのを確認してみるとか。
で、このサイト、プログラムは便利になっていて、
「TQEFSNAPGNAHQE」の部分が「CONGRATULATION」だと確定したとかなら、
Clues:に「TQEFSNAPGNAHQE=CONGRATULATION」とか「T=C Q=O E=N F=G …」とかって指定すると、条件指定ができるみたい。