URLではありませんが、日本エネルギー経済研究所発行の「エネルギー・経済統計要覧」等はいかがでしょう。
この中に燃料種別の発電量の概要が記載されています。(私の持っている09年度版には227Pに石油換算トンで記載されています。)
この中の「水力」、「地熱・風力他」、「可燃再生・廃棄物」があなたの言われるクリーンエネルギーにあてはまるのではないでしょうか?
2006年度は投入ベースで
水力 261 (石油換算百万トン)
地熱他 54.7 (石油換算百万トン)
可燃再生 73.3 (石油換算百万トン)
だそうです。
全体では 4216 (石油換算百万トン)とありますので、概ね10%程度と言うところですね。
但し、これらの値は投入ベース(1次エネルギー)の値ですので、厳密には消費者サイドのシェア(2次エネルギー)での評価にするためには色々補正する必要があります。
それでも9~10%というところではないでしょうか?
但し水力をクリーンエネルギーとみなさない場合には3%と言ったところでしょう。
出典はIEAの「Energy Balances of OECD Countries」と「Energy Balances of Non-OECD Countries」だそうです。
細かい計算方法とかはこちらをご参照ください。