遺伝子導入で導入先の遺伝子はどうなるのでしょうか？
こんにちは，遺伝子組み換え学を勉強しています．宜しくお願いします．
ふと疑問がおきました．どの本にも，遺伝子組み換えは，ファージなどを用いて云々と書いてあります．
例えば，遺伝子A，を大腸菌Bに導入する場合，Bの遺伝子はどうなってしまうのでしょうか？ そのまま導入した場合，Bの遺伝子は長くなってしまいますよね．それとも，独立で存在するのでしょうか？いずれにしても，導入後の大腸菌Bの活動は，AもBも反映されたものになってしまいそうです．このような状況で，遺伝子Aに期待した効果を上げることは可能でしょうか？
もしくは，Bの遺伝子を導入前（導入後は難しそうですが）に除去してしまい，AとBの完全取替えのようかのことができるのでしょうか？そうすると，例えば，大腸菌を完全に他の生物の細胞に変えることになってしまいそうですが・・・．または，地球上のどの生物ももたない全くオリジナルのDNAを導入すれば，未知の生物ができてしまいそうですが．どうでしょうか．
もし「Bの遺伝子除去 ⇒ Aを導入」という方式が可能だとすると，どうやって除去するのでしょうか？ もし今不可能だとすると，DNAをある細胞から完全に除去するというような方法は研究されているものでしょうか，またそれがあると遺伝子工学において有用な手法となりえますでしょうか？
ふとした疑問と言いながら，随分質問を書いてしまいました．的外れなことを申し上げているかもしれないと危惧していますが，もしそうでありましたら，ご指摘くださればと思います．
とても面白く勉強しているのですが，このあたりが疑問で詰まってしまい気になっております．宜しくお願いします．
補足
使用した宿主は大腸菌（XL1 Blue MR / pDTP51)を用いました。そして、 pDTP51 を持つ大腸菌と R.capsulatus の色素変異株を接合させる実験を基本としたものなのですが、申し訳ありません。質問に関して落ち度がありました。 もし、何かご存知であれば回答の方をよろしくお願いします。