一言でいえば#1の方と同じ「倒幕」です。勝海舟に弟子入りして、幕府の実力(武力)の大きさを知ってしまい、長州や薩摩など個々の藩の実力では無理だということで、手を結ばせようとするわけです。しかし、この二藩は「禁門の変」などで、顔をみれば殺し合うほど犬猿の仲。そこで、藩の利益と関係ない、一民間企業である海援隊が、倒幕を餌に両藩を水面下で結んだのです。
ハッキリしているのは、坂本は西郷や大久保、桂と違い、幕府は倒すが徳川には恨みはない(ちょっと矛盾するようですが、彼の行動をみるとなんとなく理解できる)ということです。ですから、薩長連合斡旋後に大政奉還を後藤象二郎と小松帯刀にそそのかし、大久保・西郷の裏をかいています(これが坂本暗殺の本当の理由という説も(笑))。
当初は土佐藩の身分制度に反発があったようですが、脱藩後は海援隊を国際企業にしたかったために、幕府の制約が多すぎて、自由に活動できなかったのが幕府を倒したいと考えるきっかけですね。土佐が倒幕の第三の藩にのし上がったのは、坂本というよりは、後藤象二郎・乾退助の政治活動が大きいかと。