ベストアンサー ※ ChatGPTを利用し、要約された質問です（原文：SMILESを二次元に描画する） SMILESを二次元に描画する方法 2009/11/22 18:49 このQ&Aのポイント SMILESデータを複数の構造を一度に二次元に表示する方法フリーのソフトウェアでSMILESデータの二次元表示を行う方法SMILESデータを見やすく二次元に描画する方法 SMILESを二次元に描画する 以下のようなSMILESデータがあるのですが、これを 複数の構造を一度に見たいのですが、以下の9つの構造を一度に二次元に表示するフリーのソフトはあるのでしょうか。 CC(=O)OC1C2C(C(C(=O)O2)OC(=O)C)OC1=O CC(=O)NC(CCC(=O)N)C(=O)[O-] CC(=O)NC1=NN=C(S1)S(=O)(=O)N CC(=O)OCC[N+](C)(C)C CC(=O)NC(CS)C(=O)O CCC(C1=CC=CC=C1)C(=O)NC(=O)NC(=O)C CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O CC(=O)C1=CC=C(C=C1)S(=O)(=O)NC(=O)NC2CCCCC2 CCCC(=O)NC1=CC(=C(C=C1)OCC(CNC(C)C)O)C(=O)C 質問の原文を閉じる 質問の原文を表示する みんなの回答 （1） 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー 101325 ベストアンサー率80% (495/617) 2009/11/23 00:42 回答No.1 フリーソフトではなくWebアプリですけど http://www.daylight.com/daycgi_tutorials/depict.cgi で質問文にある9つの構造を一度に二次元に表示することができます。 一分子しか描けないソフトでも、分子の区切りを表す改行をピリオドに置換してやれば http://www.daylight.com/daycgi/depict?4343283d4f294f433143324328432843283d4f294f32294f43283d4f2943294f43313d4f2e4343283d4f294e4328434343283d4f294e2943283d4f295b4f2d5d2e4343283d4f294e43313d4e4e3d432853312953283d4f29283d4f294e2e4343283d4f294f43435b4e2b5d284329284329432e4343283d4f294e432843532943283d4f294f2e4343432843313d43433d43433d43312943283d4f294e43283d4f294e43283d4f29432e4343283d4f294e43313d43433d4328433d4331294f2e4343283d4f2943313d43433d4328433d43312953283d4f29283d4f294e43283d4f294e43324343434343322e43434343283d4f294e43313d4343283d4328433d4331294f434328434e4328432943294f2943283d4f2943 こんな感じの絵が描けます(少し反則気味ですが)。 質問者 お礼 2009/12/04 02:23 ありがとうございます。 参考にしてみます。 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学化学 関連するQ&A 生分解しにくい物質について 生分解性を調べているのですが、以下の物質がなぜ生分解性が悪いのかがよく分かりません。どの化合物も、シクロヘキサンカルボン酸のようなのですが。。。お分かりになる方、ぜひ教えてください。 OC(=O)C1CC=CCC1C(O)=O O=C1OC(=O)C2CCCCC12 CC1CCC2C(C1)C(=O)OC2=O CC1C2C=CC1C3C2C(=O)OC3=O O=C1OC(=O)C2CC=CCC12 NCC1CCC(CC1)C(O)=O 官能基の数を数える 官能基の有無を調べるソフトにOpenBabelなどありますが、 特定の官能基の有無はわかるのですが、その数を指定することはできる のでしょうか。 たとえば[OH]が5つ存在するものをSMILESとうからとって来れるのでしょうか。 COC1=C(C=CC(=C1)CC=C)O CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)CC(=O)O CCOC1=CC2=C(C3=C(C=C(C=C3)N)N=C2C=C1)N C(C(C1C(=O)C(=C(O1)O)O)O)O CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O CC(=O)NC1=NN=C(S1)S(=O)(=O)N C1=NC2=C(N1)C(=NC=N2)N C1=NC2=C(C(=N1)N)N=CN2C3C(C(C(O3)CO)O)O 例えばこれらのデータから[OH]が2つ以上含む化合物は判別できますでしょうか。 SMILSと官能基 COC1=C(C=CC(=C1)CC=C)O CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)CC(=O)O CCOC1=CC2=C(C3=C(C=C(C=C3)N)N=C2C=C1)N C(C(C1C(=O)C(=C(O1)O)O)O)O CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O CC(=O)NC1=NN=C(S1)S(=O)(=O)N C1=NC2=C(N1)C(=NC=N2)N C1=NC2=C(C(=N1)N)N=CN2C3C(C(C(O3)CO)O)O のようなSMILESで書かれたデータがあるのですがこれらの中に特定の官能基が含まれているかを判断することは可能なのでしょうか。 例えば CCOC1=CC2=C(C3=C(C=C(C=C3)N)N=C2C=C1)Nの中にカルボキシル基、アミノ基、フェノール、オキシム、メチル基などが含まれているかどうかを判断する方法は存在するのでしょうか。 また、そのようなフリーのソフトはあるのでしょうか。 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム スクレイピング http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=41774&loc=ec_rcs ここのサイトにある Canonical SMILES: の CC1C(C(C(C(O1)OC2C(OC(C(C2O)O)OC3C(OC(C(C3O)O)O)CO)CO)O)O)NC4C=C(C(C(C4O)O)O)COを抜き出したいのですがどうすればいいでしょうか。できればプログラムをみて勉強したいのですがよろしくお願いいたします。 エクセルで６５３６５行以上のデータを２つのシートに分けたい時 外部データを取り込む時に条件設定する方法があれば教えてください。外部データはＣＳＶ形式で８万件ほどあり1つのシートには収まりません。 "A","BBB","1","CCC","D"・・・・・・・・ "A","CCC","2","CCCC","D"・・・・・・・・ "A","ddd","2","CCCCC","D"・・・・・・・・ "A","eee","1","C","D"・・・・・・・・ ・ ・ ・ 上のような形式でＣＳＶデータが存在しています。カンマでデータを区切り３つ目の項目が「1」ならシート1へ 「2」ならシート2へデータを取り込みたいのですがどうしたらいいでしょうか？ 教えて下さい。宜しくお願い致します。 フォルダの下のファイルを検索 VBscripで次のようなことを実現させたいと思っています。 複数のフォルダが格納されているフォルダAがありその構造は *A----*AA---*AAA---ファイル(1) ｜ ｜--ファイル(2) ｜ ｜-*BB---*BBB---*BBBB---ファイル(3) ｜ ｜--ファイル(4) ｜ ｜-*CC---*CCC---*CCCC-*CCCCC---ファイル(5) ｜ ｜---ファイル(6) ｜ ｜---ファイル(7) ｜----*D ｜----*E となっています。 注）フォルダ名は仮です。*はフォルダにつけてあります。 このとき、フォルダAから検索を始めて ファイル名の○数字の偶数と奇数のファイルを分けて 奇数のファイルをフォルダD、偶数のファイルをフォルダBに 仕分ける動作をさせたいです。 ちなみにファイル名は「○○_1.txt」のように命名されています。 このときの仕分け方とプログラムがいまいちわかりません。 ご教授いただけると助かります。 よろしくお願いいたします。 チオシアンについて チオシアンの構造がS－C≡Nなのか、S＝C＝NなのかS≡C－Nなのかわかりません。どれにしても電子が足りないような気がするのですが・・・ ポインタ配列で、、。 #include <stdio.h> #define NUM 3 main (void) { char *c = {"cup"}; char *cc[NUM], a0 = 'L', a1 = 'A', a2 = 'P'; char *ccc[NUM] = {"hat","bat","cat"}; int i; cc[0] = &a0; cc[2] = &a1; cc[2] = &a2; printf("c -----> %s\n", c); for(i = 0; i < NUM; i++) { printf(" cc[%d] -> %c\n", i, *cc[i]); } for(i = 0; i < NUM; i++) { printf("ccc[%d] -> %s\n", i, ccc[i]); } for(i = 0; i < 3; i++) { printf("ccc[0][%d] --> %c\n", i, ccc[0][i]); } } /* わたしの実行結果です c -----> cup cc[0] -> L Press any key to continue */ これはどういうことをしているプログラムなのでしょうか？どうかお願いします。 数学のベクトルです。 問題 同一平面上にある4点O,A,B,Cがあり、 OAベクトル+OBベクトル+OCベクトル=0 また、|OA|=2,|OB|=1,|OC|=√2を満たすとき、 三角形OABの面積Sをもとめよ できるだけ詳しく教えてください‼ 数Ｂ ベクトル 定点Ｏを中心とする半径が1の 円周上に3点Ａ、Ｂ、Ｃがあって 2ＯＡ↑＋3ＯＢ↑＋4ＯＣ↑＝0↑ を満たしている。このとき、 内積ＯＢ↑*ＯＣ↑と△ＯＢＣの 面積Ｓを求めよ。 さっぱりわからないです。 分かる方教えてください。 ベクトルについて 三角形OABの辺ABを3:4に内分する点をCとし、 辺OAを2:1に内分する点をM、辺OBの中点をNとし、 直線MNと直線OCの交点をPとする。 OP→をOA→，OB→を用いて表せ。 という問題なのですが、 OC→＝(4OB→＋3OB→)/7 であることまでは求まったのですが、そこから詰まっています。 直線のベクトル方程式を使ってみたのですが、t,sを実数として MとNを通る直線上にPがあるので OP→＝(1-t)(2/3)OA→＋t(1/2)OB→ OとCを通る直線上にPがあるので OP→＝s(4OA→＋3OB→)/7 と連立方程式を立ててみましたが、どこか間違っていて答えにたどり着けません。 正答は、OP→＝4OA→＋3OB→/12 です。 よろしくお願いします。 芳香族性について (1)Cyclohexane-1,3,5-trioneは芳香族でしょうか？ また、(1)の構造でC=O以外のCがNになった (2)1,3,5-triazinane-2,4,6-trioneは芳香族でしょうか？ (3)3H-1,2,4-triazol-3-oneはどうなんでしょうか？ ヒュッケル則を環に適用するとき、こんがらがります。 特に環にC=OがあったりピリジンＮとピロールＮが あったりすると。 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム SolarisのプログラムをWindows環境でコンパイル Solaris環境でコンパイルを指定された、c言語で書かれたプログラムを Windows環境でコンパイル・実行するにはどうしたらよろしいでしょうか？ 仮想マシン以外でありましたらよろしくお願いします。 makefile CC = gcc -g all: s s : s.o t.o s.o : s.c t.h t.o : t.c t.h clean: -rm s *.o out? core* OCRで文字変換したいのですが。 Brother 複合機 DCP-595CN 使用。スキャン項目の三段目 OCR:テキストデータ変換で 本の文字を読み取り wordに写しその文字を自由にフォントやサイズを変えたい。 PCは MacBook Air バージョンは Yosemite 10.11 から Hi Sierraの １０.13.8 に変えました。 以下はできてこんなところです！ c c r y O w r n e a n a s h a r k k n o w s y o w % ' l t @ e ' b o y r & s @ e d , h a r d l y a b t e t o c r e d i t h i s h e a r i n g , T h e w o m a n n o d d e d , n o t l o o k i n g a t a n g r t h i n g b u t h e r s k i r t . P a u l o ' s b r e a t h e x p l o d e d " B u t t h a t ' s i m p o s s i b l e ! " T h e w o m a n p a u s e d t o r a i s e b l a c k e y e s i . n u r o n d e r , c ' Y o u h a v e n e v e r h e a r d o f m e @ " s h e a s k e d . P a u l o w a s a t a l o s s t o a c c o u n t f o r t h e w o m a n ' s c a s u a l a c c e p t a n c e o f t h e s h a r k ' s p r e s e n c e A l l k n e w s 3 h a r k s w e r e a m e n a c e ! Y e t t h i s o d d o ※OKWAVEより補足：「ブラザー製品」についての質問です。 C言語、半角で打ち直しても多くのエラーメッセージ。 いつも大変お世話になり、誠にありがとうございます。 標記の件。 下記に、コード、エラーメッセージを書きます。 コンパイルしたところ、多くのエラーメッセージが出ます。 こういうエラーメッセージの場合、誤って、全角で 打ってしまったのだと思い、全部を半角で打ち直します。 デモ、また大量のエラーメッセージが出ます。 全角スペースを半角で打ち直す「コツ」ってありますか？ 是非とも教えてください。 ご多忙中のところ、度々申し訳ございません。 下記コードが何故コンパイルエラーを起こすのか どうか、ご回答の程宜しくお願い申し上げます。 記 コード /*文字と数値を出力する*/ #include <stdio.h> int main(void) { printf("%cは文字です。\n",'A'); printf("%dは整数です。\n",123); printf("%fは小数です。\n",10.5); return 0; } エラ－メッセージ C:\MinGW>gcc test1.c -o test1 test1.c:1:1: error: stray '\377' in program test1.c:1:2: error: stray '\376' in program test1.c:1:3: error: expected identifier or '(' before '/' token test1.c:1:4: warning: null character(s) ignored test1.c:1:6: warning: null character(s) ignored test1.c:1:7: error: stray '\207' in program test1.c:1:17: error: stray '\222' in program test1.c:1:19: error: stray '\372' in program test1.c:1:21: error: stray '\233' in program test1.c:1:25: error: stray '\213' in program test1.c:1:28: warning: null character(s) ignored test1.c:1:30: warning: null character(s) ignored test1.c:2:1: warning: null character(s) ignored # i n c l u d e < s t d i o . h > ^ test1.c:3:1: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:3: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:4: error: invalid preprocessing directive #i i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:5: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:7: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:9: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:11: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:13: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:15: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:17: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:21: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:23: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:25: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:27: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:29: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:31: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:33: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:35: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:3:37: warning: null character(s) ignored i n t m a i n ( v o i d ) ^ test1.c:4:1: warning: null character(s) ignored { ^ test1.c:5:1: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:3: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:5: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:7: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:11: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:13: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:15: warning: null character(s) ignored p r i n t f ( " % c o0アールW[g0Y00\ n " , ' A ' ) ; ^ test1.c:5:17: warning: null character(s) ignored 全部はコピーできませんでしたが、どうぞ、宜しくお願い申し上げます。 有機化合物 構造異性体 次の分子式で表される各化合物の構造異性体をすべて構造式で示せ。 (1)Ｃ4Ｈ10 (2)Ｃ3Ｈ6Ｃl2 (3)Ｃ2Ｈ4Ｏ (4)Ｃ3Ｈ9Ｎ この問題なのですが、(1)のようなアルカンの構造異性体は 分かるのですが、その他の(2)(3)(4)は分かりません。 どうのように考えればいいのですか？ ベクトルの問題 またしても分からない問題があったので質問させて下さい。 以下、OPベクトルをO→Pで表します。 ２球面x^2+y^2+z^2=1をＳで表し、Ｎ=(0,1,1)とする。 Ｓ上の点E(a,b,c)はc=0でなく、O→P・O→E=0を満たすＳ上の点Ｐの全体をCとする。 ２点Ｎ、Ｐを通る直線と平面z=0との交点をＱとし、実数s,tをO→Q=sO→P+tO→Nで定める。 このとき、sとtをO→PとO→Nを用いて表せ。 また、O→Q^2(OQの長さの二乗です)をtで表せ。 こんな問題なんですが、文字が多くてよく分からなくなってしまいます。 空間なので図示も上手くできなくて・・・ 誰か分かる方解答お願いします。 ルーへマン紫について ルーへマン紫の分子式が知りたいのですが、調べてみると載っているのは構造式ばかりでした。 ルーへマン紫にも分子式はあると思うのですが、それはどのようなものでしょうか？ 構造式から見ると、C18 H8(9?) O4 N という感じですが、これは合っているのでしょうか？ ご回答よろしくお願いします。 VSS6.0で履歴を見ようとしたところ、 VSS6.0で履歴を見ようとしたところ、 データが ??u.s.i.n.g. .S.y.s.t.e.m.;. . .u.s.i.n.g. .S.y.s.t.e.m...C.o.l.l.e.c.t.i.o.n.s...G.e.n.e.r.i.c.;. . .u.s.i.n.g. .S.y.s.t.e.m...C.o.l.l.e.c.t.i.o.n.s.;. のように文字化け？？みたいな表示になっていました。 もっと以前の履歴だときちんと表示されますが、 現在編集中のファイルと比較しても、 現在のファイルも文字化け状態でした。 しかし、現在のファイル(*.cs)をメモ帳などで開いても 文字化け表示は起こりません。。。 履歴の文字化けを直すにはどのようにしたらいいのでしょうか？ ベクトル＋三角関数 Ｏを中心とし、半径が１である円周上に3点Ａ，Ｂ，Ｃがあり ２ＯＡ↑＋３ＯＢ↑＋４ＯＣ↑＝０↑・・・(＊) を満たしている。 （ＯＡ↑・・・ＯＡベクトル） (1)ＯＡとＢＣの交点をＰとおくとＡＯ：ＯＰは？ (＊)よりＯＡ↑＝－(３ＯＢ↑＋４ＯＣ↑)／２ ＝－(７／２)・(３ＯＢ↑＋４ＯＣ↑)／（４＋３） ＝－(７／２)ＯＰ↑ といっていいのでしょうか？（図を見ていきなり。） それとも ＯＡ↑＝ｋＯＰ↑（ｋ∈Ｒ） またＯＰ↑＝ｓＯＢ↑＋(１－ｓ)ＯＣ↑（ｓ＝１、ｓ∈Ｒ） ＯＡ↑＝ｋｓＯＢ↑＋ｋ(１－ｓ)ＯＣ↑ ＯＡ↑＝－(３ＯＢ↑＋４ＯＣ↑)／２ 係数比較でｋ＝－２／７とでてＯＡ↑＝－(７／２)ＯＰ↑としなくてはいけない？ ＯＢ↑//ＯＣ↑では無いことを言わなくてはいけないかしら？（どうやるの？） （２）ＯＢ↑・ＯＣ↑は？ ∠ＢＯＣ＝θとおくと 正弦定理よりＢＣ＝２sinθ 余弦定理を△ＯＢＣにつかって (２sinθ)^2＝１＋１－２・１・１・cosθ ⇔２cos^{2}θ－cosθ－１＝０ ⇔（2cosθ＋１）（cosθ－１）＝０ ∴cosθ＝-1/2、１ θ＝120°,240°,0° 0°は不適？120°,240°は条件に当てはまってる？ ここのところが少しあいまいです。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
お礼
ありがとうございます。 参考にしてみます。