河川由来のサンプルに生息する微生物の同定について
研究室にて細菌の同定を行っている大学生です。
現在、河川から採集したサンプル中に存在する微生物の検出・同定を行っております。
ターゲットとして選択したのは、ヒトに対し病原性を示す可能性のある大腸菌をはじめ、カンピロバクター、チフス菌などです。現在、R2A培地(ベクトン・ディッキンソン社)にてコロニーの検出を行った段階です。今後はサンプルに対し選択培地による検出と、PCR法において種特異的なプライマーを用いた同定を進めていこうと考えております。
メインは特異性の高いPCR法による同定を、"Pubmed"などで探した英論文に記載されている実際に検出効果の証明されているプライマーを用いて行っていこうと考えておりますが、そのプライマー探しに苦戦しております。こういった目的でのプライマー情報を迅速に探せるサイト、または資料等ご存知の方、いらっしゃいましたら是非ご意見をお伺いしたく思います。
また、PCRにかける前のDNA抽出は、ゲノムDNAに対して行う論文が多いようです(16SrDNAなど)が、細菌の持つプラスミドでは不可能なのでしょうか?また、お勧めのキット等がありましたら是非お聞かせください。
少しの情報でもかまいません。皆様ご多忙な時期をお過ごしのことと存じておりますが、どうかよろしくお願いいたします。
お礼
正解が出ないようですので、いったん質問を閉じます。
補足
実際に携わっていない方のご回答は以降ご遠慮ください。