ベストアンサー EMBLについて 2009/02/06 15:34 バイオインフォマティクスの話です。 EMBLはどのような書式で公開されていて、またどのようにしてそのデータを入手できるのか教えてください。 みんなの回答 （1） 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー noname#210617 2009/02/06 15:52 回答No.1 http://www.ebi.ac.uk/embl/ 質問者 お礼 2009/02/06 16:03 ありがとうございます。参考になりました。ありがとうございます。 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学生物学 関連するQ&A バイオインフォの需要、勉強法 学部を卒業後現在ＳＥになるべくプログラムを学んでいます。学部では遺伝子について学びました。現在の会社ではバイオインフォマティクスの事業はしていません。 １ バイオインフォマティクスの需要は現在どのくらいあり、今後実際に大きくなるのでしょうか？ ２ バイオインフォを独学で学びたいのですが、初心者でも分かるようなサイトや参考書をご存知でしたら教えてください。 ３ バイオインフォマティクスをしている企業を調べたのですがバイオインフォマティクスでの求人はほとんどないようです(自分が見つけていないだけかもしれませんが)。バイオインフォマティクスでの採用は今後ふえるのでしょうか？将来的にはバイオインフォマティクスの分野でＳＥとして仕事をしていきたいのです。。 いろいろなご意見が聞けるとうれしいです。どうぞよろしくお願いいたします。 バイオインフォマティクス初心者にも取り組みやすい研究テーマを教えて下さい 現在、理学部の2年で生物を専攻しているものです。 今まではウエット系の研究者に関心を持っていたのですが、最近バイオインフォマティクスに興味を持っています。 そこで何か今の自分でバイオインフォマティクスの研究を始めてみたいと思っています。しかし、私の大学にはバイオインフォマティクスを研究している研究室がないため、どのような研究テーマが初心者にも取り組みやすいのかいまいちよく分かりません。 そこで、何か初心者でも取り組みやすいバイオインフォマティクス研究(具体的には、ウエットの実験に生かされるような研究、アルゴリズムの開発などではない)がございましたら、教えて下さい。 宜しくお願いします バイオインフォマティクスって？？ 現代のバイオインフォマティクスにはさまざまな説があるらしいのですが、いまのところの正しい説を教えてほしいです（＞人＜）！！ 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム バイオインフォマティクスを行っている企業は？ 私は現在、就職活動の学生です。就職活動も自分の中では終わりに近づいていますが少し、気になっていることがあります。 それは、「バイオインフォマティクス（生物情報学）を行っている企業があるか？？」ということです。 就職サイトなどで調べましたが、なかなか見つかりません。 富士●などが行っているとネットで調べましたが、他にどのような企業がバイオインフォマティクス（生物情報学）を行っているか知りたいです。 なんでも良いので、どのような企業が行っているかご存知の方はおしえてください？？よろしくお願いします。 バイオインフォマティクスを研究に活かすには？ 現在生物の大学院に在籍している者です。 今後就職してバイオインフォマティクスの職種に就こうと思っています。そして、しばらく何年か働いた後、大学なり研究機関なりで、またバイオの研究に戻りたいと考えています。 ここで質問なのですが、多くのバイオインフォマティクスをやっている企業では、SNPのソフト開発やデータベース構築業務をやっているところが多いのですが、このような仕事が、将来新しい遺伝子の探索や創薬のシーズ探し、そして大学などで行われている研究に活かしていくことができるのかがすごく知りたいです。 誰かご存じの方よろしくお願いいたします。 タンパク質解析について バイオインフォマティクスの話になるかと思いますが、あるタンパクのアミノ酸配列が分かっている時にその配列からモチィーフやドメインを予測したり、あるいはリン酸化やアセチル化といった修飾部位を推測したり出来るようなサイトないしホームページをご存じないでしょうか？ ご存じの方がいらっしゃいましたら、いろいろとお教え頂けると幸いです。よろしくお願い致します。 バイオインフォマティクスに関する否定的意見 2、3年前のBBSを見ていたところ、バイオインフォマティクスに関して、大学院で専攻すると将来性がないという意見がいくつかありました。 専攻しても就職に結びつかないということでしょうか。それとも研究しても成果が出しにくいということでしょうか。 バイオインフォマティクスに詳しい方 今回、次世代シークエンサーを使ってRNAseqを行いました。（委託） そこで、委託会社のほうで解析をしていただき、exelファイルで発現量変化がわかるようになっています。 そこで、geneID（今回はマウスなのでNM_........のように）で表示されています。 このgeneIDをもとに遺伝子の名前を全てにつけたいのです。 例えば、NM_000001はAkt1みたいな感じにexelファイルにしたのです。 バイオインフォマティクスの知識がほとんどないので地道に一つずつやっていくぐらいしか方法が思い浮かびません。 どなたがバイオインフォマティクスに精通している方ご教授いただけないでしょうか？ 遺伝子パスウェイ解析ソフトウェア はじめまして。 今春、大学院生になった者です。 DNAマイクロアレイのデータからさらに着目すべきと思われる遺伝子が6つほど取れました。そこで教授と相談したところ、この6つの遺伝子の遺伝子パスウェイを作るように言われました。 自分で調べた中ではGenMappなどがありましたが、遺伝子パスウェイをフリーで作成できるソフトウェアを教えて頂けないでしょうか。 私自身も他のラボメンバーもバイオインフォマティクスの知識はほぼゼロのため、どうか宜しくお願い致します。 BLASTで出来ることが知りたいです 現在、BLASTを使用して解析を行う予定があります。 まだ、このようなバイオインフォマティクス系のことに触れたことがありません。 そこで、BLASTに関し、 Blastp Blastx Blastn の、概念、用途、違い、について、それぞれ簡単で構いませんので、教えてください。 初歩的な質問で申し訳ありませんが、どうぞよろしくお願いします。 有限要素法Nastranの書式について Nastranのモデル書式について資料を入手したいのですが、公開されていますでしょうか？ 公開されていれば、その入手方法を教えてください。 会社で有限要素法を用いた解析を担当することとなりました。 そのソフト（有償）には有限要素法モデルを作るプリポストソフトが無く、前任者が自作で製作しました。 このソフトが形状を数値で入力し、Nastran書式で出力。これを解析ソフトで読み込むというものです。 解析ソフト上でコンター図などは確認でき、概略構造の確認は出来るのですが、節点位置などを表示する機能がありません。 そのためモデルが正しくできているかの確認が非常に難しい状態です。 （プリポストソフトを購入してもらうのが簡単なのですが。。） そこでNastran書式のモデルを、CADデータへコンバートする変換ソフトを自作し、CAD上で確認したいと考えています。 しかし、前任者が既に退社しており、自作するにしても全く情報がありません。 以上、よろしくお願いします。 VAIOのOSクリーンインストール 今使っているVAIOのHDDが調子悪いので、近々SSD換装したいと思います。換装ついでにOSをクリーンインストールしようと思っていますが、VAIOはドライバは公開していないらしいので、ドライバ入手方法を教えてください。 １．VAIOのFTPサイトがあるらしいのでそこから入手できますか？（見てもわからなかったですが・・・） ２．Cドライブ\Windows\Drivers の中身をコピーしておけばよいですか？ 型式はVGN-NR72Bです。 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム 遺伝子の染色体上の有無を調べる方法 バイオインフォマティクスではない実験でヒトのある遺伝子が性染色体上(X、Y)にあるかどうかを実験的に調べる方法を教えてください。 in situ hybridizationを用いた方法は知っているので それ以外にあったら教えてください。 バイオのバックグラウンドを活かした職業 いつもお世話になります。 自分はバイオ系の大学院を卒業し、バイオインフォマティクス企業の営業兼SEをしています。周りの人は研究職(テクニシャン含む)が多いのですが、 バイオのバックグラウンドを活かして仕事をしている方は周りにおられますか？ バイオをバックグラウンドとしている弁理士、証券アナリスト(証券会社勤務、金融系含む)、シンクタンク、コンサルタントの方々がおられたら是非ともお願いします。 Ｃ－ＭＯＳ ＩＣの規格データの入手 Ｃ－ＭＯＳ ロジックＩＣの規格データを入手したいのですが、公開しているサイト無いでしょうか。 規格表が絶版で入手出来ないようですので・・・ プログラミング超初心者がperlを始めるにあたって 生物学を学ぶ大学院生です。バイオインフォマティクスに足を突っ込んだため、perlを用いてデータ解析をする必要が出てきました。しかし私は生物学出身でこれまでプログラミングをしたことがなく、まずどんな環境で始めたらいいかで悩んでいます。 例えばOSについて「perlをやるならLinux/UNIXだ。」とか「macを買ったらいいよ。」とか「windowsでもできるじゃん。」など、いろいろな話を聞くので頭がパンクしそうです。 私はWindowsXPを使っています。しかし、書店で立ち読みしたPerlの参考書はUNIXを基本として説明しているものが多く、LinuxをはじめたりMacを購入したほうが勉強しやすいのではないかと思いました。 そして現在、パソコンの買い足しを検討しているのでperlを始めることも考慮して機種・OSを選んだほうがよいのでは？と感じています。 本当に１からプログラミング勉強開始で分からないことだらけです。助言がありましたらよろしくお願いします。 公開鍵方式の安全性が全く分からない 公開鍵方式が暗号化方式として優れていたと３０年も言われてきた理屈が分からないので教えてください。 下記のNTT PC COMMUNICATIONSのサイトを見ていると以下のように説明されていました。 ＜引用元URL＞ http://www.nttpc.co.jp/yougo/%E5%85%AC%E9%96%8B%E9%8D%B5.html ～～～～～～～～～＜説明抜粋＞～～～～～～～～～～～～～～～ 秘密鍵暗号化方式は、鍵を盗まれると解読されてしまうとか、 連絡を取り合う相手の数だけ鍵を持たないといけないといった管理上の問題がある。 そこで、公開鍵と秘密鍵を組み合わせた公開鍵暗号化方式という方法が考え出された。 ＜中略＞ 秘密鍵は、あなただけが持っていて誰にも渡さない。それに対して、あなたの公開鍵は、たくさんの人に配布しておく。 あるいは、誰でも簡単に入手できるようにしておく。 秘密鍵は、あなただけが持っていて誰にも渡さない。それに対して、あなたの公開鍵は、たくさんの人に配布しておく。 あるいは、誰でも簡単に入手できるようにしておく。 そして、あなたが秘密鍵で暗号化したデータは、あなたの公開鍵でのみ復元できる。 あなたの公開鍵で暗号化されたデータは、あなたの秘密鍵でのみ復元できる。 ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ 他にもいろいろ記事を読んだのですがだいたい似たような説明になっています。 しかしこの説明から考えると下記のリスクが発生するから全く安全な方法とは思えず、 何を以て３０年近くも安全な暗号方式として使われ続けてきたのかが さっぱり分かりません。 ～～～～～～～上URLの記事から私が思う公開鍵方式のリスク～～～～～～～ 例えばAさんからBさんにデータを送ったとする。 データはAさんの秘密鍵で暗号化されている。 しかしそのデータ通信が発生したことにCさん（Aさん、Bさんの敵）が気付いた。 Bさんの公開鍵は誰でも簡単に入手できるのだから当然Cさんも入手している。 そのためBさんに送られたデータはCさんにも解読されてしまう。 何らかの方法でAさんに送られたデータをCさんも入手してしまえば 公開鍵でCさんも解読することが可能になってしまう。 ～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～ すみませんが上記の私が思うリスクが発生しにくい理由を教えてください。 グルコースの代謝について概要を知りたい 情報系の学生です。 バイオインフォマティクス系の研究室に入ったので生物の勉強をしています。 グルコースの代謝経路の勉強をしているのですが、 うまく、まとまっているサイトがありましたら教えてください。 まずは概要を知りたくて、解糖系、TCAサイクル、クエン酸回路などで それぞれ何分子のATP、GTP、NADH、FADH2、CO2が生じるかについて知りたいです。 よろしくお願いします。 sony/vaioの音楽ソフトで困ってます パソコン（sony/vaio/windowsｘｐ＝旧vaio）が壊れたため、新しいパソコン（sony/vaio/windows7＝新vaio/VPCJ1）を買いました。 旧vaioでは、「SonicStage」という音楽ソフトが入っていましたが、新vaioには入っていません。SonicStageの後継が「x-アプリ」らしいのですが、入っていない場合は、どこで入手できますか？ （新vaioに標準で入っている「windows media player」がとても使用しづらいのです。） ちなみに旧vaioが壊れたため、データのお引越しソフトは使用できず、CDRWでこまめにデータ移動をしている状態です。なので、一括データ移動はしていません。 また現在使用している「ウォークマン」は、windwos７対応ではないので、買い替えるしかないでしょうか？ わかる方、教えていただけると助かります。 よろしくお願いします。 タンパク質のドメイン検索 タンパク質の各ドメインのアミノ酸配列を得るにはどのツールを使えばいいのでしょうか？ 「ある既知のタンパク質の、ドメインごとに立体構造予測を行え」とあるのですが、SWISS-MODELで予測させるためにはどうしてもアミノ酸配列が必要です。NCBIなどでの検索結果のどこかにドメインごとに表示させるものでもあるのでしょうか？ バイオインフォマティクスは初心者なものでとんちんかんな質問をしているかもしれませんが、どなたかご教授をお願いいたします。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
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